Команда дважды побеждала в чемпионате и пять раз становилась обладателем Кубка Андорры, также является обладателем наибольшего числа выигранных Суперкубков — пяти. В Лиге чемпионов 2009/10 годов «Сан-Жулиа» стала первым андоррским клубом, прошедшим в следующий раунд еврокубков, обыграв сан-маринский «Тре Фиори»[1].
Клуб основан в 1982 году группой друзей, которые вместе играли в футбол[2]. В сезоне 1995/96 «Сан-Жулиа» приняла участие в первом чемпионате Андорры под эгидой УЕФА, в котором заняла 8-е место[3]. В следующем сезоне команда заняла 7-е место в чемпионате, однако дошла до финала Кубка Андорры, где уступила «Принсипату» с разгромным счётом 0:7[4]. В сезоне 1997/98 клуб занял наихудшее место за всю свою историю — 9-е при 11 участниках[5]. В двух последующих первенствах Андорры «Сан-Жулиа» занимала 6-е и 5-е места, а также доходила до полуфинала Кубка Конституции[6].
В сезоне 2000/01 «Сан-Жулиа» впервые завоевала серебряные медали чемпионата Андорры и дошла до финала Кубка Андорры, где уступила «Санта-Коломе» — 0:2[7]. Данные достижения позволили команде дебютировать в еврокубках, в Кубке Интертото. «Сан-Жулиа» стала первой андоррской командой, которая участвовала в этом турнире. В первом раунде Кубка Интертото команда уступила швейцарской «Лозанне» по сумме двух матчей со счётом 1:9. Первый еврокубковый гол за «Сан-Жулиа» забил Манель Жименес[8]. В сезоне 2001/02 «Сан-Жулиа» также завоевала серебряные медали и летом 2002 года снова участвовала в Кубке Интертото. Андоррцы проиграли по сумме двух матчей североирландскому «Колрейну» — 2:7[9].
В Примера Дивизио 2002/03 клуб стал обладателем бронзовых наград, в Кубке Андорры «Сан-Жулиа» уступила «Санта-Коломе» — 3:5. В сентябре 2003 года команда приняла участие в первом розыгрыше Суперкубка Андорры, в котором также проиграла «Санта-Коломе» — 2:3[10]. В следующем сезоне «Сан-Жулиа» заняла второе место в чемпионате, а игрок команды Жорже Фелипе Са Силва стал лучшим бомбардиром, забив 16 мячей[11]. Также команда дошла до финала Кубка Конституции, где уступила «Санта-Коломе» с минимальным счётом 0:1. В июне 2004 года клуб принимал участие в первом раунде Кубка Интертото, где проиграл «Смедерево» (0:11). В сентябре 2004 года «Сан-Жулиа» выиграла Суперкубок Андорры обыграв «Санта-Колому» (2:1)[12].
Под руководством тренера Патрисио Гонсалеса «Сан-Жулиа» впервые выиграла чемпионат Андорры в сезоне 2004/05[13]. После этого команда впервые участвовала в Кубке УЕФА, где в первом отборочном раунде уступила бухарестскому «Рапиду» (0:10, по сумме двух матчей). В Суперкубке Андорры 2005 «Сан-Жулиа» уступила «Санта-Коломе» с минимальным счётом (0:1). В сезоне 2005/06 команда вновь стала серебряным призёром Примера Дивизио и полуфиналистом Кубка Андорры[14]. Летом 2006 года «Сан-Жулиа» приняла участие в розыгрыше Кубка Интертото, однако уступила словенскому «Марибору» (0:8)[15].
В сезоне 2006/07 клуб завоевал бронзовые награды чемпионата, а также дошёл до финала Кубка Конституции, где уступил «Санта-Колома» (2:2 основное и 2:4 по пенальти)[16]. В июне 2007 года «Сан-Жулиа» участвовала в первом раунде Кубка Интертото и по сумме двух матчей проиграла сараевской «Славии» (4:6). В следующем сезоне команда завоевала второе место в чемпионате, а также впервые стала победителем Кубка Андорры, разгромив в финале «Лузитанс» (6:1). Летом 2008 года клуб снова играл в квалификации Кубка УЕФА, на этот раз команда уступила болгарскому «Черно море» по сумме двух матчей со счётом (0:9). В матче за Суперкубок Андорры 2008 «Сан-Жулиа» потерпела поражение от «Санта-Коломы» (0:3)[17].
Сезон 2008/09 стал успешным для «Сан-Жулии», которая во второй раз в своей истории стала победителем чемпионата[18]. Лучшим игроком сезона по версии УЕФА стал игрок «Сан-Жулии» Виктор Морейра[19]. Летом 2009 года команда впервые участвовала в Лиге чемпионов. В первом раунде «Сан-Жулии» попался сан-маринский «Тре Фиори» и андоррцы смогли добиться победы (2:2 по сумме двух матчей и 5:4 в серии пенальти)[20]. «Сан-Жулиа» стала первой андоррской командой которая прошла в следующий раунд еврокубков[1]. Во втором раунде клуб проиграл болгарскому «Левски» (0:9). В сентябре 2009 года «Сан-Жулиа» во второй раз выиграла Суперкубок Андорры, победив «Санта-Колому» (2:1)[21].
В сезоне 2010/11 «Сан-Жулиа» была одной из лучших команд по обороне в Европе, в итоге пропустив всего 9 мячей в чемпионате[26]. Примера Дивизио «Сан-Жулиа» завершила на втором месте, а в Кубке Андорры команда добилась победы обыграв «Унио Эспортива Санта-Колома» (3:1)[27]. В Лиге Европы 2011/12 клуб уступил израильской команде «Бней Иегуда» (0:4 по сумме двух матчей). В сентябре 2011 «Сан-Жулиа» третий раз подряд выиграла Суперкубок, обыграв «Санта-Коломау» (4:3). В последующих двух сезонах команда занимала 4 места, при этом являясь одной из самых результативных команд Европы в сезоне 2011/12[28]. В Кубке Андорры 2013 «Сан-Жулиа» стала финалистом турнира, уступив «Унио Эспортива Санта-Колома» (2:3)[29].
В ноябре 2013 года в матче против «Санта-Коломы» голкипер клуба Иван Перианес отметился забитым голом ударом от своих ворот[30]. В Примера Дивизио 2013/14 «Сан-Жулиа» смогла завоевать бронзовые награды, а в Кубке Андорры добиться победы над «Лузитансом» (1:0). Капитаном в этом сезоне являлся Себастьян Варела[31]. Летом 2014 года команда участвовала в квалификации Лиги Европы и уступила по сумме двух матчей сербскому клубу «Чукарички» (0:4). В следующем 2014/15 «Сан-Жулиа» заняла 4 место в чемпионате. 10 мая 2015 года команда сыграла в финале Кубка Андорры против «Санта-Коломы» и победила со счётом (1:1 в основное время и 5:4 по пенальти)[32].
Главным противостоянием «Сан-Жулии» в первенствах Андорры являются игры против команды «Санта-Колома». Данное дерби называют классическим или Эль-Класико. Обе команды с момента создания соревнуются за звания чемпиона Андорры[37][38][39]. В финалах Кубка Конституции команды встречались шесть раз, в пяти играх побеждала «Санта-Колома». В матчах Суперкубка Андорры клубы играли между собой восемь раз, в пяти встречах «Сан-Жулиа» побеждала[40].