Скиннер работал учителем, а также техническим директором, тренером резервистов и тренером вратарей в клубе «Бирмингем Сити». В 2013 году он был назначен главным тренером футбольной команды колледжа Солихалла, в которой играли только девушки. Футбольная академия колледжа Солихалла имела тесные связи с женской командой «Бирмингем Сити», которая привлекала молодых талантов из команды колледжа[1].
В декабре 2016 года Скиннер был назначен главным тренером женской команды «Бирмингем Сити»[2]. В «весенней серии» Женской суперлиги, которая прошла с февраля по май 2017 года, «Бирмингем Сити» занял седьмое место. Команда также дошла до финала Женского кубка Англии в 2017 году, проиграв в нём женской команде «Манчестер Сити». В сезоне 2017/18 «Бирмингем Сити» занял пятое место в Женской суперлиге.
К январю 2019 года «Бирмингем Сити» находился на четвёртой строчке турнирной таблицы Женской суперлиги. Скиннер сумел создать хорошо организованную команду с доминирующей атакой, действуя в рамках ограниченного бюджета[3].
14 января 2019 года Скиннер был назначен главным тренером клуба Национальной женской футбольной лиги «Орландо Прайд[англ.]» из Орландо (штат Флорида, США). Старт его карьеры в США оказался сложным: он не одержал ни одной победы в девяти первых матчах. 22 июня 2019 года его команда одержала победу над клубом «Скай Блу со счётом 2:1[4]. Сезон 2019 года команда «Орландо Прайд» завершила в нижней части таблицы лиги с 16 очками[5]. Сезон 2020 года был нарушен пандемией COVID-19, из-за чего команда провела только четыре официальных матча Национальной женской футбольной лиги, не одержав ни одной победы, однако сведя вничью последнюю игру лиги, отыграв три мяча у «Норт Каролайна Каридж»[6]. В 2021 году команда не проиграла ни одного из семи стартовых матчей чемпионата, набрав в них 15 очков[7]. 23 июля 2021 года Скиннер подал в отставку[8].
29 июля 2021 года Марк Скиннер был назначен главным тренером женской команды «Манчестер Юнайтед», сменив на этом посту ушедшую в отставку в мае того же года Кейси Стоуни. Он подписал с клубом двухлетний контракт с опцией продления ещё на год[9][10].
Скиннер встречается с бывшей футболисткой сборной АнглииЛорой Бассетт[англ.], с которой он вместе тренировал женскую команду «Бирмингем Сити» до 14 лет[14]. В декабре 2018 года у пары родилась дочь.
