Dragørs kommun bildades 1974 av socknarna Dragør och Store Magleby som tidigare varit egna kommuner. Den tillhörde då Köpenhamns amt. Vid den danska kommunreformen 2007 förblev kommunen oförändrad, men ingick ett samarbetsavtal med Tårnby kommun.
Borgmästare efter valet 2005 blev socialdemokraten Allan Holst, även om konservative folkeparti fick flest ledamöter i kommunstyrelsen, 6 av 15 platser.