I samband med det så kallade bondetåget 1914 och den därpå följande borggårdskrisen, varvid regeringenStaaffs försvarspolitik desavouerades, var Trygger en av kungens (och drottningens) främsta rådgivare, och han motarbetade i det längsta parlamentarismens implementering som grund för regeringsmaktens utövning. Först efter första världskriget och det demokratiska genombrottet 1918, under den liberala/socialdemokratiskaregeringenEdén, kom Trygger att acceptera utvecklingen, genom vad han kallade en ”intelligent anpassning".
När Hjalmar Brantings socialdemokratiska ministär föll på frågan om arbetslöshetsunderstöd 1923, gick kungens bud om att bilda regering till Trygger. I tre år hade Branting strävat efter att hålla högern utanför regeringen och återupprätta samarbetet med liberalerna. Nu hade den strategin nått sitt slut. Förstakammarhögerns ledare nådde nu slutligen statsministerposten, som andrakammarhögerns ledare Arvid Lindman tidigare hindrat honom att nå 1920. Efter valet 1924, då högern visserligen gick fram, fick Trygger lämna plats för Branting, vars parti gjort än större valframgångar och dessutom hade utsikt att nå en uppgörelse med de frisinnade om försvaret.
Efter det hätska och oförsonliga andrakammarvalet 1928, det så kallade ”kosackvalet”, bildade Arvid Lindman regering tillsammans med Trygger, som blev utrikesminister. Efter att högerregeringen hade tvingats avgå 1930 började långsamt men säkert Trygger trappa ner på sina politiska förtroendeuppdrag, och lämnade över ledarskapet för förstakammarhögern till förre jordbruksministern Johan Bernhard Johansson i december 1933.
Från 1922 till sitt frånträde från riksdagen 1937 var Trygger första kammarens ålderspresident. Åren 1926–1937 var Trygger universitetskansler. Han invaldes som ledamot av Kungliga Vetenskapsakademien 1925.
Efter att ha brutit benet hösten 1943 insjuknade Trygger allvarligt och avled, 85 år gammal. Han är begraven på Norra begravningsplatsen utanför Stockholm.[3][4]
Straff-process : Ant. från prof. Tryggers förel. v.t. 1894.
Om bevisning : anteckningar efter professor Tryggers föreläsningar / [Ernst Trygger]. 18??
Lagsökning för gäld / af Ernst Trygger. - 1893
Utlåtande angående frågan om eganderätten till Christinae kyrka i Göteborg / afgifvet af Ernst Trygger. - 1896
Flaggfrågan : föredrag hållet den 28 februari 1899 inför ledamöter af riksdagens båda kamrar / af Ernst Trygger. – 1899
Kommentar till Lag angående ändrad lydelse af 11 kap. rättegångsbalken / af Ernst Trygger. - 1900
Kommentar till lag om handräckning åt utländsk domstol m. m. - 1901
Gustaf Adolf den store : tal hållet i Upsala universitets aula den 6 november 1901.
Kommentar till Lag om ändring i vissa delar af rättegångsbalken den 14 juni 1901 / Ernst Trygger. – 1902
Några ord om Upsala Universitets ekonomi. - 1902
Kommentar till utsökningslagen / af Ernst Trygger. - 1904
Kommentar till utsökningslagen. - 1897-1904
Föreläsningar i straffprocess. - 1905
Föredrag hållet i Falun den 13 mars 1910.
Högern: dess sträfvanden och mål: föredrag hållet i Stockholm den 28 september 1910.
Öfver partipolitiken : Sverige och dess säkerhet. Föredrag i Sthlms studentförening onsdagen den 22 okt. 1913.
Öfver allt och alla Sverige : dess ära och oberoende. - 1914
Kommentar till utsökningslagen / af Ernst Trygger. - 1916- - 2. uppl.
Kommentar till utsökningslagen. H. 1. – 1916
De ungas uppgift i svensk politik : föredrag hållet i Nationella ungdomsförbundet i Stockholm den 15 maj 1916.
Valen och Sveriges trygghet : Föredrag i Kristianstad den 19 augusti 1917.
Om skriftliga bevis såsom civilprocessuellt institut. - 1921 - 2. uppl.
Några ord om Genèveprotokollet 1924 angående avgörande på fredlig väg av internationella tvister: föredrag hållet inför Stockholms Högskolas Studentförening den 28 november 1924 / Ernst Trygger. - 1924
Samling på det beståendes grund : Föredrag i Malmö den 15 aug. 1924.
Vad gäller striden?: tal i Göteborg / av statsminister Trygger. - 1924
Domaren och hans uppgift : [Rubr.]. – 1926
Svensk straffprocessrätt. - 1926 - Ny uppl., med av hänsyn till senare lagstiftning gjorda ändringar och tillägg utöver 1914 års uppl.
Nationellt och internationellt: tal i Stockholm den 13 februari 1930 i samband med Allmänna valmansförbundets för Stockholm 25-årsjubileum.