Den 6 juli 1945 förlorade man på Slottsskogsvallen en vänskapsmatch mot danska BK Frem med 2–1, i en ganska svag match inför 2 247 åskådare. Sixten Rosenqvist gjorde Gais mål.[5]
I svenska cupen 1945 gick Gais, i likhet med övriga allsvenska lag, in i turneringen i andra omgången. Gais lottades mot Hälsingborgs IF, och förlorade på bortaplan med 2–5, trots ledning 2–0 i halvtid.
Gais inledde säsongen med 0–0 borta mot starka Degerfors IF och 2–1 hemma mot Djurgårdens IF, i en match där nye målvakten Yngve Högberg skadades och Sixten Rosenqvist fick ställa sig i målet.[7] Högberg kom efter skadan aldrig mer tillbaka i Gais A-lag,[8] och han ersattes under resten av säsongen av trotjänaren Nils "Nippe" Johansson.[4] I hemmaderbyt mot IFK Göteborg förlorade Gais med 1–3 efter två tveksamma IFK-mål; det ena på grund av en misstänkt offside på Kristiansson, det andra på grund av ruff.[9]
Gais fortsatte säsongen med att gneta och maska sig till 0–0 borta mot mästarna IFK Norrköping,[10] och sedan följde 3–2 hemma mot Halmstads BK[11] Borta mot Hälsingborgs IF råkade Gais ut för ännu en förlust,[12] och hemma mot AIK fick man därefter bara 2–2 efter att ha lett med 2–0, men där Henry "Garvis" Carlsson gjorde två mål, inklusive kvitteringen i slutminuterna.[13] Man slog därefter överraskande Malmö FF borta med 1–0,[14] och sedan Jönköpings Södra IF borta med 3–2.[15] 3–1 hemma mot IS Halmia befäste Gais plats som ett allsvenskt topplag,[16] och man spelade därefter 1–1 borta mot IF Elfsborg och 0–1 hemma mot Malmö FF innan höstsäsongen avslutades med 5–3 hemma mot Elfsborg. Gais övervintrade därmed på en femte plats med 16 inspelade poäng, bara två poäng bakom tabellettan IFK Norrköping.[17]
Gais gjorde en lovande försäsong våren 1946, och vann triangelserien efter 2–1 mot Örgryte IS och 4–1 mot IFK Göteborg.[7] Man spelade även 2–2 i en vänskapsmatch hemma mot Djurgården innan serien drog i gång.[18]
Allsvenskans vårsäsong inledde Gais med 1–1 borta mot AIK,[19] och man klarade sedan bara 0–0 borta mot Halmia.[20] Efter klara segrar mot J-Södra[21] och Halmstad (den senare efter två mål av B-lagsspelaren Ragnar Bred)[22] hade Gais, genom ett tätt och snålt spel med få gjorda men ännu färre insläppta mål, återigen smugit upp på tredjeplatsen inför returmötet mot IFK Norrköping.[23] Trots en stark första halvlek förlorade man emellertid inför rekordpubliken 22 354 mot mästarna med klara 1–4, där Norrköpings förlösande 1–2-mål dock föregicks av både ruff och offside och antagligen borde ha dömts bort.[24] Gais studsade dock tillbaka efter storförlusten, och derbyslog bara fem dagar senare serietvåan IFK Göteborg med 3–1 inför 17 018 åskådare. Man såg med detta även till att snuva ärkerivalerna på guldet, då de inte längre hade möjlighet att gå i kapp Norrköping.[25] Gais följde upp med 2–0 hemma mot Hälsingborg[26] och hade chans på andraplatsen med två omgångar kvar.[27] Efter en 3–2-seger mot Djurgården på Stockholms stadion[28] förlorade Gais emellertid hemma med 0–2 mot "spöket" Degerfors, som man alltid haft svårt för, och slutade på en fjärdeplats, sju poäng bakom guldlaget Norrköping och två poäng efter Malmö på andra och IFK Göteborg på tredje plats.[29]
