John P. Stockton utexaminerades 1843 från College of New Jersey (numera Princeton University) och studerade därefter juridik. Han inledde 1846 sin karriär som advokat i New Jersey. Han var chef för USA:s diplomatiska beskickning i Kyrkostaten1858-1861.
Stockton efterträdde 1865 John C. Ten Eyck som senator för New Jersey. Delstatens lagstiftande församling fortsatte att tvista om mandatet och Stockton byttes följande år ut mot Alexander G. Cattell. Han efterträdde sedan 1869 Frederick T. Frelinghuysen som senator och fick sitta i senaten hela mandatperioden ut. Han var delstatens justitieminister (New Jersey Attorney General) 1877-1897.
Stocktons grav finns på Princeton Cemetery i Princeton.