UEFA tarafından 24 Mayıs 2013'te 2015-16 UEFA Şampiyonlar Ligi sezonundan itibaren başlamak üzere UEFA Şampiyonlar Ligi'nde aşağıdaki değişikliklerin yapılmasına karar verilmiştir.[2]
2016-17 UEFA Şampiyonlar Liginde UEFA'ya üye 54 ülke federasyonundan 79 takım mücadele etmiştir. (Lihtenştayn Futbol Federasyonu yerel lig düzenlemediğinden katılımcı gönderemeyecektir.) Ülkelerin takım sayılarının belirlenmesi için 2015 UEFA ülkeler sıralaması listesi kullanılmaktadır. Buna göre;
1 ile 3.sıraya kadar olan ülkelerden dört takım.
4 ile 6.sıraya kadar olan ülkelerden üç takım.
7 ile 15.sıraya kadar olan ülkelerden iki takım.
16 ve 55.sıradaki ülkelerden bir takım (Lihtenştayn hariç).
Birinci ve ikinci ön eleme turu kuraları 20 Haziran 2016 tarihinde çekilmiştir.[8] Birinci ön eleme turu ilk maçları 28-29 Haziran, ikinci maçlar ise 5-6 Temmuz 2016 tarihlerinde oynanmıştır.
Üçüncü ön eleme turu kuraları 15 Temmuz 2016 tarihinde çekilmiştir. Üçüncü ön eleme turu ilk maçları 26-27 Temmuz, ikinci maçlar ise 2-3 Ağustos 2016 tarihlerinde oynanmıştır.
2015-16 sezonundan başlamak üzere grup aşaması kura çekiminde, son şampiyon ve 2015 UEFA ülkeler sıralamasına göre ilk 7 ülkenin lig şampiyonları 1. torbayı oluşturacaktır. Son şampiyonun kendi liginde de şampiyon olması durumunda 2015 UEFA ülkeler sıralamasına göre 8. ülkenin şampiyonu 1. torbaya alınacaktır.[9][10] Diğer takımlar, 2016 UEFA takım katsayıları'na göre 2., 3. ve 4. torbalara ayrılır. 32 takım kura ile dörderli sekiz gruba yerleştirilir. (aynı ülke takımları farklı gruplarda olma şartı ile)
Grup aşaması sonunda, tüm gruplarda 1. ve 2. sırada olan takımlar bir üst tura çıkarken 3. sırada tamamlayan takımlar 2016-17 UEFA Avrupa Ligi son 32 turuna dahil olur.
2016-17 UEFA Şampiyonlar Ligi grup aşamasına dahil olan takımlar otomatik olarak 2016-17 UEFA Gençlik Ligi'ne katılırlar.
Torbalar
Gruplar
Renk anahtarı
2016-17 UEFA Şampiyonlar Ligi'nde bir üst tura çıkan takımlar
Son 16 turu kura çekiminde, gruplarını ilk sırada tamamlayan 8 takım seri başı olur. İlk maçlar seri başı olmayan takımların sahasında oynanır. Aynı grup veya aynı federasyondan gelen takımlar birbirleriyle eşleşemezler.
Çeyrek final ve daha sonraki turların kura çekiminde, seri başı sistemi uygulanmaz ve aynı grup veya aynı federasyondan gelen takımlar birbirleriyle eşleşebilir.