Moleküler grafik sistemleri listesi Bu, makromolekülleri görselleştirmek için kullanılan önemli yazılım sistemlerinin bir listesidir.[1]
Ad
|
Veri
|
Lisans
|
Teknoloji
|
Alıntılar
|
Yorumlar
|
Amira
|
EM MM MRI Optik SMI XRD
|
Tescilli[2]
|
Windows, Linux, Mac
|
[3][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
OpenInventor/OpenGL tabanlı; yaşam ve biyomedikal bilimlere odaklanıyor.
|
Ascalaph Designer
|
MM MD QM
|
Tescilli
|
C++
|
[4][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Grafikler, model oluşturma, moleküler mekanik, kuantum kimyası.
|
Avizo
|
EM MM MRI Optik SMI XRD
|
Tescilli[5]
|
Windows, Linux, Mac
|
[6][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Avizo, Amira'dan türetilmiştir ve malzeme bilimine odaklanmaktadır.
|
Avogadro
|
MM XRD MD
|
Bedava açık-kaynak, GPL
|
C++, Qt, Python modülleri aracılığıyla genişletilebilir
|
|
|
BALL
|
MD MM NMR
|
LGPL açık-kaynak
|
Bağımsız program
|
[7]
|
|
Cn3D
|
|
Bedava açık-kaynak
|
Bağımsız program
|
[8]
|
NCBI C++ araç setinde
|
Coot
|
XRD
|
Bedava açık-kaynak
|
|
|
|
Gabedit
|
XRD MM
|
Bedava açık-kaynak
|
C
|
[9]
|
|
Jmol
|
|
Bedava açık-kaynak
|
Java (applet veya bağımsız program) Tarayıcı için dönüştürülmüş HTML5/JavaScript
|
[10][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Bağımsız hareket, yüzeyler ve moleküler orbitaller, boşluk görselleştirme, kristal simetrisi ile birden fazla molekül yükleme gibi gelişmiş yetenekleri destekler.
|
MDL Chime
|
|
Tescilli, ticari olmayan kullanım ücretsiz
|
Sadece Windows için C++ tarayıcı eklentisi
|
[11][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Molekül ve periyodik sistemleri (kristal, yapılar, sıvılar...) oluşturun ve görselleştirin, yörüngeleri canlandırın, moleküler orbitalleri, yoğunluğu, elektrostatik potansiyeli görselleştirin... IR, NMR, dielektrik ve optik tensörler gibi grafikleri görselleştirir.
|
Mol*
|
MM MD NA SMI XRD
|
Bedava açık-kaynak (MIT)
|
TypeScript (WebGL, React)
|
[12]
|
Şu anda RCSB-PDB ve EMBL/PDBe tarafından kullanılan görüntüleyici. Bir betik dili içerir.
|
Molden
|
MM XRD
|
Tescilli, akademik kullanım ücretsiz
|
|
[13]
|
|
Molecular Operating Environment (MOE)
|
HM MD MM NA QM SMI XRD
|
Tescilli
|
Windows, Linux, OS X; SVL programlama dili
|
|
Küçük moleküller, makromoleküller, protein-ligand kompleksleri, kristal kafesler, moleküler ve özellik yüzeyleri oluşturun, düzenleyin ve görselleştirin. Kapsamlı moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları koleksiyonu için platform.
|
Molekel
|
MM XRD
|
Bedava açık-kaynak
|
Java 3D applet veya bağımsız program
|
|
|
PyMOL
|
MM XRD SMI EM
|
Açık-kaynak[14]
|
Python
|
[15][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Yazara göre, bilimsel literatürde 3D protein yapılarının yayınlanan tüm görüntülerinin neredeyse 1/4'ü PyMOL ile yapılmıştır.[kaynak belirtilmeli]
|
RasMol
|
|
Bedava açık-kaynak
|
C bağımsız program
|
[16][17][18][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
|
SAMSON
|
MM MD SMI MRI
|
Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm
|
Windows, Linux, Mac. C++ (Qt)
|
[19]
|
Hesaplamalı nanobilim: yaşam bilimleri, malzemeler, vb. Modüler mimari, SAMSON Elemanları olarak adlandırılan modüller.
|
Sirius
|
|
Bedava açık-kaynak
|
Java 3D applet veya bağımsız program
|
|
2011'den itibaren artık desteklenmemektedir.
|
Scigress
|
MM QM
|
Tescilli[20]
|
Bağımsız program
|
[21]
|
Çeşitli moleküler sistemler üzerinde simülasyonları düzenleme, görselleştirme ve çalıştırma.
|
Spartan
|
MM QM
|
Tescilli[22]
|
Bağımsız program
|
[23]
|
Biyomolekülleri görselleştirin ve düzenleyin, daha fazla hesaplama analizi için PDB dosyalarından bağlı ligandları çıkarın, aerodinamik grafik kullanıcı ara yüzü ile tam moleküler mekanik ve kuantum kimyasal hesaplamalar paketi.
|
UCSF Chimera
|
XRD SMI EM MD
|
Bedava açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)[24][25]
|
Python
|
[26][27][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Tek/çoklu sekans görüntüleyici, yapı tabanlı sekans hizalama, entegre analizler için otomatik sekans-yapı karışma içerir.[28]
|
VMD
|
EM MD MM
|
Bedava açık-kaynak (ticari olmayan kullanım için)[29]
|
C++
|
[30][31][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
|
WHAT IF
|
HM XRD
|
Tescilli, Akademik kullanım için shareware
|
Fortran, C, OpenGL, bağımsız
|
[32][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Eski moda ara yüz; deneyimli biyo-informatikçiler için çok iyi bir yazılım; yaklaşık 2000 protein yapısıyla ilgili seçenek; 500 sayfalık bir dokümanla birlikte geliyor.
|
YASARA
|
HM NMR XRC
|
Tescilli, sınırlı ücretsiz sürüm
|
C-assembly, Windows, Linux, Mac
|
[33][Şahsen yayımlanan kaynaklar?]
|
Yapı tahmini ve yerleştirme dahil olmak üzere tam özellikli moleküler modelleme ve simülasyon programı. Grafik veya metin modu (kümeler), Python ara yüzü.
|
Anahtar
Aşağıdaki tablo, her bir sistemde hangi veri türlerinin görselleştirilebileceğini göstermektedir:
Ayrıca bakınız
Kaynakça
- ^ O'Donoghue SI, Goodsell DS, Frangakis AS, Jossinet F, Laskowski RA, Nilges M, ve diğerleri. (Mart 2010). "Visualization of macromolecular structures". Nature Methods. 7 (3 Suppl). ss. S42-55. doi:10.1038/nmeth.1427. PMC 7097155 $2. PMID 20195256.
- ^ "Amira commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Amira for Life & Biomedical Sciences". 28 Şubat 2019. 1 Kasım 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 28 Şubat 2019.
- ^ "Ascalaph". 24 Şubat 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "Avizo commercial license". 31 Mayıs 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Avizo, the 3D Visualization and Analysis Software for Scientific and Industrial Data". 26 Eylül 2018. 29 Ocak 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 5 Ağustos 2010.
- ^ Hildebrandt, Andreas (25 Ekim 2010). "BALL - biochemical algorithms library 1.3". BMC Bioinformatics. Cilt 11. s. 531. doi:10.1186/1471-2105-11-531 . PMC 2984589 $2. PMID 20973958.
- ^ Wang Y, Geer LY, Chappey C, Kans JA, Bryant SH (Haziran 2000). "Cn3D: sequence and structure views for Entrez". Trends in Biochemical Sciences. 25 (6). ss. 300-2. doi:10.1016/S0968-0004(00)01561-9. PMID 10838572.
- ^ "Gabedit A graphical user interface for computational chemistry packages". 6 Ocak 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D". 18 Kasım 2010 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "Chime Pro". Symx. 24 Ocak 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009. [ölü/kırık bağlantı]
- ^ Sehnal, David; Bittrich, Sebastian; Deshpande, Mandar; Svobodová, Radka; Berka, Karel; Bazgier, Václav; Velankar, Sameer; Burley, Stephen K; Koča, Jaroslav; Rose, Alexander S (2 Temmuz 2021). "Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures". Nucleic Acids Research. 49 (W1). ss. W431-W437. doi:10.1093/nar/gkab314. PMC 8262734 $2. PMID 33956157.
- ^ "Molden a visualization program of molecular and electronic structure". 5 Temmuz 2007 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "PyMOL License". GitHub. 8 Ocak 2010. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Mart 2023.
- ^ "PyMOL Molecular Viewer". 17 Eylül 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ Sayle RA, Milner-White EJ (Eylül 1995). "RASMOL: biomolecular graphics for all". Trends in Biochemical Sciences. 20 (9). ss. 374-376. doi:10.1016/S0968-0004(00)89080-5. PMID 7482707.
- ^ Bernstein HJ (Eylül 2000). "Recent changes to RasMol, recombining the variants". Trends in Biochemical Sciences. 25 (9). ss. 453-5. doi:10.1016/S0968-0004(00)01606-6. PMID 10973060.
- ^ "Home Page for RasMol and OpenRasMol". 16 Aralık 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "SAMSON Connect". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Scigress commercial license". 5 Aralık 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Scigress". fqs.pl. 12 Eylül 2014. 1 Ekim 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ "Spartan webpage". 14 Ekim 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ Spartan Tutorial & User's Guide 18 Haziran 2022 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. 1-890661-38-4
- ^ "UCSF Chimera code repository". www.rbvi.ucsf.edu. 27 Mart 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 27 Mart 2023.
- ^ "UCSF Chimera license". 21 Şubat 2024 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ Pettersen EF, Goddard TD, Huang CC, Couch GS, Greenblatt DM, Meng EC, Ferrin TE (Ekim 2004). "UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis". Journal of Computational Chemistry. 25 (13). ss. 1605-12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 $2. doi:10.1002/jcc.20084. PMID 15264254.
- ^ "UCSF Chimera". 31 Ağustos 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ Meng EC, Pettersen EF, Couch GS, Huang CC, Ferrin TE (Temmuz 2006). "Tools for integrated sequence-structure analysis with UCSF Chimera". BMC Bioinformatics. Cilt 7. s. 339. doi:10.1186/1471-2105-7-339 . PMC 1570152 $2. PMID 16836757.
- ^ "Visual Molecular Dynamics license". 21 Ocak 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 21 Şubat 2024.
- ^ Humphrey W, Dalke A, Schulten K (Şubat 1996). "VMD: visual molecular dynamics". Journal of Molecular Graphics. 14 (1). ss. 33-8, 27-8. doi:10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID 8744570.
- ^ "VMD - Visual Molecular Dynamics". 23 Eylül 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "WHAT IF homepage". 1 Mayıs 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
- ^ "YASARA – Yet Another Scientific Artificial Reality Application". 10 Şubat 2021 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 24 Eylül 2009.
Dış bağlantılar
Information related to Moleküler grafik sistemleri listesi |