Mustafa İsen (3 Aralık 1953, Nalköy, Ferizli, Sakarya Türkiye), Türk akademisyen, bürokrat, siyasetçi.

İlk öğrenimini Sakarya'da yaptı. 1971'de Çorum İmam Hatip Lisesi'nden mezun oldu.1975 yılında Atatürk Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü'nü bitirdi. Üniversiteden sonra İstanbul'da öğretmenlik; Atatürk Üniversitesinde asistanlık yaptı. 1981 yılında Türkiye Cumhuriyeti Millî Eğitim Bakanlığı aracılığı ile Belgrad Üniversitesi Filoloji Fakültesi Doğu Dilleri Bölümüne öğretim elemanı olarak görevlendirildi ve 1983 yılına kadar burada çalıştı. Aynı yıl yardımcı doçent tayin edildi ve yurda dönüşünden sonra Atatürk Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde öğretim üyesi olarak çalıştı.

Bu yıllarda kuruluş aşamasında olan Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde de alanıyla ilgili dersler verdi. 1988 yılında Millî Eğitim Bakanlığı'nda müşavir olarak görevlendirildi. Aynı yıl, Eski Türk Edebiyatı alanında doçent oldu ve 1989 yılında Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü'ne doçent olarak atandı. Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Dekan yardımcılığı ve Gazi Üniversitesi Türkçe Öğrenim Uygulama ve Araştırma Merkezi Başkanlığı (G.Ü. TÖMER) yaptı.

1994 yılında Profesör oldu. Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde müdürlük, Gazi Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde Bölüm Başkanlığı yaptı. Ardından Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi dekanı oldu (1997). 2000 yılında Başkent Üniversitesi'ne geçti ve burada Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünü kurdu.

17 Aralık 2002 tarihinde Kültür Bakanlığı Müsteşarlığına atandı. Kültür ve Turizm Bakanlıklarının birleşmesi sonucu 17 Haziran 2003 tarihinde Kültür ve Turizm Bakanlığı Müsteşarlığına tayin edildi.

22 Temmuz 2007 genel seçimlerinde AK Parti'den milletvekili adayı olmak için müsteşarlıktan istifa etti. Sakarya veya Bursa'dan AK Parti aday listesine konulacağı beklenirken son gece listeye konulmasının unutulduğu anlaşıldı. 5 Temmuz 2007'de müsteşarlık görevine geri döndü. 28 Ağustos 2007'de Abdullah Gül'ün Cumhurbaşkanlığına seçilmesinin ardından Cumhurbaşkanlığı Genel sekreterliğine atandı. 4 Nisan 2003 tarihinde Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi Mütevelli Heyet üyeliğine, 17 Ekim 2009 tarihinde de YÖK üyeliğine atandı.

Recep Tayyip Erdoğan'ın cumhurbaşkanı seçilmesiyle beraber cumhurbaşkanlığı başdanışmanı oldu. Haziran 2015 seçimlerinde AK Parti'den milletvekili adayı olmak için görevinden istifa etti. 25. ve 26. Dönemlerde Ak Parti'den Sakarya Milletvekili olarak seçilen İsen, TÜRK-PA, Millî Eğitim, Kültür, Gençlik ve Spor Komisyonu üyeliği ve Türkiye Sırbistan Dostluk Grubu Başkanlığı yaptı. Ayrıca Türk Dünyası Akil Adamlar Meclisinde Türkiye'nin Aksakalı'dır.

Türk Edebiyatı ve Balkanlarda Türk kültürü ile ilgili yayınlanmış çok sayıda çalışması vardır.

• Acıyı Bal Eylemek
• Balkanlarda Osmanlı Mirası Gezi Rehberi
• Balkanlarda Türk Çocuk Hikâyeleri Antolojisi
• Balkanlarda Türk Çocuk Şiiri
• Balkanlarda Türk Çocuk Şiirleri Antolojisi
• Basılı Divanlar Kataloğu
• Bir Muhacir Köyünün Hikâyesi, Nalköyü
• Bursa Şehrengizi Lami-î Çelebi
• Dile Duran Ölüm Klasik Türk Edebiyatında Mersiyeler
• Eski Türk Edebiyatı El Kitabı
• Gelibolulu Mustafa Ali
• Hamâmî-zâde İhsan Divanı
• Künhü'l-Ahbâr'ın Tezkire Kısmı
• Latifi Tezkiresi
• Ötelerden Bir Ses
• Sehi Bey Tezkiresi
• Sultan Şairler
• Sultanların Şiirleri Şiirlerin Sultanları
• Şair Tezkireleri
• Şeyhi Divanı
• Tezkireden Biyografiye
• Türk Edebiyatında Tevhidler
• Usuli Divanı
• Varayım Gideyim Urumeli'ne
• Vuslati Ali Bey Gaza-Name-i Çehrin