Індонезія (під ім'ям «Голландська Ост-Індія») стала першою азійською збірною, що взяла участь в чемпіонаті світу у 1938 році. В 1/8 фіналу Індонезія програла 0:6 майбутнім фіналістам - Угорщині. Ця гра залишається єдиною для Індонезії в фінальній стадії чемпіонату світу.
У 1957 році збірна, вже під сучасною назвою, взяла участь у першому відбірному турнірі в азійській зоні. У першому раунді була обіграна збірна Китаю, але Індонезія з політичних мотивів відмовилася від подальших ігор з Ізраїлем. Потім, через політичну нестабільність в країні, збірна тривалий період не брала участь у відбіркових матчах світової першості. Наступним чемпіонатом світу, в якому вона взяла участь, був відбірковий турнір чемпіонату світу 1974.
Першим Кубком Азії, в якому взяла участь Індонезія, був розіграш 1996 року в ОАЕ. У першому раунді було набрано одне очко (нічия з Кувейтом). Другий раз в Кубку Азії 2000, проведеному в Лівані, також було набрано одне очко в трьох іграх. У наступному розіграші 2004 року була здобута перша перемога - 2:1 над Катаром, - але й цього не вистачило для виходу з групи. У Кубку Азії 2007 Індонезія була однією з чотирьох країн-організаторів. У першому матчі був обіграний Бахрейн з рахунком 2:1, але в останніх двох матчах збірна зазнала поразки і не пройшла до чвертьфіналу, фінішувавши третьою в групі. Цей результат на сьогодні вважається найкращим виступом у Кубках Азії.
30 травня 2015 року виконком ФІФА призупинив членство Федерації футболу Індонезії, і збірна була відсторонена від відбіркових турнірів чемпіонату світу 2018 року і кубка Азії 2019 року. Членство федерації було відновлено 13 травня 2016 року[2].
