11 переможців третього раунду отримали право брати участь у Кубку УЄФА із другого кваліфікаційного раунду. Переможцем Кубка стала команда, яка досягла найбільшого прогресу в турнірній сітці Кубка УЄФА. Нею стала німецька команда Гамбург.
Перший раунд
Перші матчі були зіграні 23 та 24 червня 2007 року, матчі-відповіді — 30 червня та 1 липня 2007 року.
* - матч був перерваний на початку другого тайму за рахунку 2:0 через заворушення на трибунах. 11 липня 2007 року рішенням Контрольно-дисциплінарної інстанції УЕФА «Легія» виключена із чинного Кубка Інтертото та дискваліфікована на один єврокубковий сезон через заворушення за участі польських вболівальників. Польському клубу зараховано поразку з рахунком 0:3.
Третій раунд
Перші матчі були зіграні 21 та 22 липня 2007 року, матчі-відповіді — 28 та 29 липня 2007 року. 11 переможців увійшли у другий кваліфікаційний раунд Кубка УЄФА.
Вісім з одинадцяти клубів, які пробились в Кубок УЄФА через Кубок Інтертото виграли свої кваліфікаційні матчі і пройшли до першого раунду. П'ять із цих клубів пройшли до групового етапу Кубка УЄФА, чотири — пробились до 1/16 фіналу. Клуб Гамбург пройшов до 1/8 фіналу, таким чином ставши переможцем Кубка Інтертото.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
