У розіграші Ліги Європи УЄФА 2011/12 взяли участь 195 команд з 53 асоціацій УЄФА. Кількість команд від кожної країни і раунд з якого вони починали змагання залежали від позиції асоціації у таблиці коефіцієнтів УЄФА станом на кінець єврокубкового сезону 2009/10:
Ірландія: Оскільки Спортінг Фінгал, який посів четверте місце у чемпіонаті Ірландії з футболу 2010, не отримав домашню ліцензію на проведення матчів у 2011 році, його місце зайняв клуб Сент-Патрікс Атлетік, який посів п'яте місце у домашньому чемпіонаті. Він гратиме з першого кваліфікаційного раунду.[3]
Казахстан: Локомотив Астана, переможець Кубку Казахстану з футболу 2010, за правилами УЄФА не може грати в Європі, оскільки ще не пройшло три роки з часу створення команди, Актобе, що посів у чемпіонаті Казахстану друге місце, переведено у другий кваліфікаційний раунд, а фіналіст кубку Шахтар Караганда отримав вакантне місце у першому кваліфікаційному раунді.[4]
Литва: Оскільки Жальгіріс, що посів третє місце у чемпіонаті Литви з футболу 2010, не отримав ліцензії УЄФА на змагання у єврокубках в сезоні 2011-12, Таурас, що посів четверте місце, посів його позицію у другому кваліфікаційному раунді.[5]
Румунія: Оскільки Тімішоара, срібний призер чемпіонату Румунії з футболу 2010—2011, не отримав домашньої ліцензії на наступний сезон, Васлуй, що посів третє місце, переведено у розіграш Ліги Чемпіонів до третього кваліфікаційного раунду для нечемпіонів. Таким чином, Рапід Бухарест і Динамо Бухарест, що посіли четверте та шосте місця у чемпіонаті, пересунуто до стикового раунду та третього кваліфікаційного раунду Ліги Європи відповідно, а місце у другому кваліфікаційному раунді отримав Газ Метан, що посів сьоме місце у чемпіонаті.[6]
Жеребкування
Всі жеребкування проходитимуть у штаб-квартирі УЄФА в Ньйоні, Швейцарія, якщо не вказано інше[7].
1 Команду Олімпіакос Волос було дискваліфіковано Контрольно-дисциплінарною інстанцією УЄФА з поточного розіграшу Ліги Європи УЄФА через порушення статті 5 Дисциплінарного статуту УЄФА і відсторонено від участі у єврокубках на найближчі 3 роки[10]. Відповідно, рішенням УЄФА місце Олімпіакоса було віддано команді Дифферданж 03[11]
У плей-оф взяли участь 32 клуби: 24 клуби, що зайняли перші два місця в групах на груповому етапі, і 8 клубів, що зайняли 3-ті місця на груповому етапі Ліги чемпіонів.
↑24 серпня робоча група УЄФА з надзвичайних ситуацій вирішила замінити «Фенербахче» в Лізі чемпіонів на «Трабзонспор», зважаючи на рішення Футбольної асоціації Туреччини. Через це повторний матч «Трабзонспора» проти «Атлетика» був скасований, «Атлетик» автоматично пройшов до групового турніру.