1993 року захистив кандидатську дисертацію на тему «Питання квантової та статистичної механіки еніонів»[3]. Вже за два роки працював у Франції, а протягом 1995–1996 років працював науковим співробітником Центру передових досліджень в Осло (Норвегія)[3]. Після того повернувся до Києва працювати в Інституті теоретичної фізики імені М. М. Боголюбова НАН України, а 1998 року з батьками переїхав до міста Нью-Йорк[3].
З 2001 року почав досліджувати історію транспорту Києва, написав історичний нарис «Памяти киевских трамваев»[4]. 2004 року вийшла його книга «Трамвайные копейки»[5], потім були публікації у збірниках, газетах «Зеркало недели»[6], «Киевский телеграф» тощо.
2005 року Стефан Машкевич захистив дисертацію доктора фізико-математичних наук на тему «Квантова та статистична механіка систем із дробовою статистикою»[7].
2021 року Стефан Машкевич захистив другу докторську дисертацію, цього разу доктора історичних наук.
Стефан Машкевич написав декілька десятків наукових робіт з фізики та фізичної хімії[8]. Серед них: «Основания статистической термодинамики: индетерминистско-динамический подход»[9], «Демон Максвелла, диспетчер и тепловые машины»[10], «Точные решения задачи многих энионов»[11] тощо.
Також написав низку книг як дослідник історії Києва: «Трамвайные копейки» (2004), «Київський тролейбус — Kiev Trolleybus» (2009, співавтор — Кость Козлов), «Два дня из истории Киева» (2010)[12], «Улицы Киева. Ретропутешествие» (2015, 2018, 2-ге вид.)[13], наукову монографію «Історія приміських трамвайних ліній Києва» (2018), історичне дослідження «Киев 1917–1920. Т. 1. Прощание с империей (март 1917 — январь 1918)», статті з історії київського транспорту, тощо.
Брав участь у циклі передач «Історії міста» на телеканалі «Київ»[14][15][16].
Критикував рішення Київради накласти мораторій на публічне використання російськомовного культурного продукту на території міста Києва від 13 липня 2023 року: «В цивілізованій країні, якби депутати міського законодавчого зібрання так цинічно надругалися над Конституцією своєї країни, то день ухвалення цих рішень став би останнім днем роботи цього зібрання. Але…»[22].
Публікації
Книги
Два дня из истории Киева, 30–31 августа 1919 г. — К. : Варто, 2010. — 159 с., фот. — ISBN 978-966-2321-10-4.
Київський тролейбус / К. П. Козлов, С. В. Машкевич. — К. : Кий, 2009. — 608 с., фотогр., рис., табл. — Альтернативна назва: Kiev trolleybus / Kozlov, K., Mashkevich, S. — ISBN 978-966-8825-58-3.(укр.)(англ.)
Трамвайные копейки: историческое исследование. — К. : Курчъ, 2004. — 80 с., ил. — ISBN 966-96120-6-3.
Улицы Киева. Ретропутешествие. — Х. : Фолио, 2015. — 316 с., ил. — ISBN 978-966-03-7184-2.
Улицы Киева. Ретропутешествие. 2-е издание, перер и доп. — Х. : Фолио, 2018. — 396 с., ил. — ISBN 978-966-03-7437-9.
Історія приміських трамвайних ліній Києва: наукова монографія. — К. : Варто, 2018. — 224 с. : іл. — ISBN 978-966-2321-44-9.
Киев 1917–1920. Т. 1. Прощание с империей (март 1917 — январь 1918). — Х. : Фолио, 2019. — 461 с. : іл. — ISBN 978-966-03-8750-8.(рос.)
Машкевич С. В. Історія Київського міського транспорту. Кінець XIX — початок XXI ст. — Київ : Варто, 2019. — 640 с. — ISBN 978-966-2321-49-4;
Машкевич С. В. Язык из Киева уведет. Киев : Скай Хорс, 2020. 272 с. ISBN 978-966-2536-63-8.
Публікації з теоретичної фізики
Машкевич В. С., Машкевич С. В. Основания статистической термодинамики: индетерминистско-динамический подход (1989);
Машкевич В. С., Машкевич С. В. Демон Максвелла, диспетчер и тепловые машины (1990);
Машкевич С. В. Точные решения задачи многих энионов (1992);
Машкевич С. В. Вопросы квантовой и статистической механики энионов: диссертация кандидата физ.-мат. наук: 01.04.02 (Дубна, ОИЯИ, 1993);
Машкевич С. В. Квантовая и статистическая механика систем с дробной статистикой: диссертация доктора физ.-мат. наук: 01.04.02 (Киев, Киевский национальный ун-т им. Тараса Шевченко, 2005).
История киевской конки // Науковий вісник Міжнародного гуманітарного університету. Серія: Історія. Філософія. Політологія: зб. наук. праць. — Одеса: Фенікс, 2015. — Вип. 9. — С. 23–27. (рос.) [Архівовано 7 лютого 2016 у Wayback Machine.]
История фуникулёра в Киеве // Науковий вісник Міжнародного гуманітарного університету. Серія: Історія. Філософія. Політологія: зб. наук. праць. — Одеса: Фенікс, 2014. — Вип. 8. — С. 29–33. (рос.) [Архівовано 24 березня 2016 у Wayback Machine.]
К истории пригородных линий киевского трамвая // Збірник наукових праць міжнародної конференції «Мультинаукові дослідження як тренд розвитку сучасної науки». — Київ, 13 квітня 2013 року. — С. 100—103. (рос.)
Киевский трамвай в 1917–1921 годах // Дні науки історичного факультету — 2012 : матеріали V Міжнар. наук. конф. молодих учених, (12–13 квіт. 2012 р.) / Київ. нац. ун-т ім. Тараса Шевченка, Іст. ф-т, Наук. т-во студ. та аспірантів ; [редкол. : Б. М. Гончар та ін. ; відп. ред. І. В. Семеніст]. — К. : [б. в.], 2012. — Вип. 5, ч. 7. — С. 77–78. (рос.)