Після повернення із закордону працював помічником у таких архітекторів, як Барановський Гавриїл, Рерберґ Іван, Сюзор Павло. Багато проєктів здійснив у співавторстві з Мар'яном Лялевичем. В 1913 році удостоївся звання академіка архітектури.
Обширну архітектурну практику поєднував з викладацькою діяльністю. З 1904 по 1910 роки М. М. Перетяткович був викладачем Технологічного інституту, Вищих Жіночих Політехнічних курсів. Читав курс лекцій в Вищому художньому училищі Петербурзька академія мистецтв. В 1910–1912 роках брав участь в складанні «Проєкта преобразования Санкт-Петербурга» під керівництвом архітекторів Ф. Є. Єнакієва і Л. М. Бенуа.
Крім проєктної та викладацької діяльності, М. М. Перетяткович був членом таких громадських організацій, як Императорское Санкт-Петербургское Общество архитекторов, Общество архитекторов-художников, Рада Музею Старого Петербурга, працював у Комісії з вивчення та опису пам'яток Старого Петербурга, працював у редакційній раді журналу «Зодчий».
Конкурсний проєкт дохідного будинку А. Н. Перцова (1905–1908), НЕСТВОРЕНО
Конкурсний проєкт Ситного ринку, разом з М. С. Лялевичем та Ф. Е. Вишинським 1906, 4 варіанта, НЕСТВОРЕНО
Проєкт Дом ленинградской торговли|будинку Гвардійського економічного товариства 1907, НЕСТВОРЕНО
Конкурсний проєкт Палацу мира (1907, Гаага), НЕСТВОРЕНО
Зал засідання Держ ради в Маріїнському палаці, автор-будівельник Л. Н. Бенуа (1907–1908
Трамвайний міст через Фонтанку, разом із Г. Г. Кривошеїним 1908, пролітна будова знята, збереглися берегові устої
Дім страхового товариства «Саламандра», при участі Н. Н. Вєрьовкіна 1908–1909
Церква Христа Спасителя в пам'ять Гефсиманської битви і святителя Миколая Чудотворця («Спас-на-Водах»), при участі Н. В. Покровського і С. Н. Смірнова 1910, знесений (підірваний у 1932 році)
Дохідний дім і торговий банк М. И. Вавельберга (1910–1912)
Дім міських установ, при участі М. С. Лялевича 1912–1913
Будинок Римо-католицького благодійного товариства притулку для хлопчиків 1912–1913
Будинок Російського торгово-промислового банка 1912–1914
Будинок Міністерства торгівлі і промисловості 1912–1915
Залізобетонний звід в головному залі будинку Біржі, разом з Ф. І. Лідвалем 1913–1914
Романівська грязелікарня (будував архітектор Е. Ф. Шреттер 1911–1914, П'ятигорськ.
Конкурсний проєкт санаторію в Єсентуках. Здобув першу премію. Опублікований у щорічнику Товариства архітекторів-художників у Санкт-Петербурзі 1911 року.[2]