У 1919 польська окупаційна влада звільнила його з університету, емігрував до Відня. 1920 — професор економічної географії Академії торгівлі у Відні. 1921 — професор географії та декан філософського факультету у Вищому педагогічному інституті ім. Драгоманова в Празі.
У 1933 заарештований органами НКВД СРСР. Звинувачений у приналежності до контрреволюційної організації, шкідництві та шпигунстві і за постановою судової трійки колегії ДПУ УСРР (23 вересня 1933) засуджений до п'яти років позбавлення волі. Покарання відбував у таборі «Свірлаг» (Вепсляндія), на об'єктах Біломорсько-Балтійського каналу (Республіка Карелія), у Соловецькому таборі особливого призначення (СЛОН ГУЛАГ) на Соловецькому архіпелазі в Білому морі (1934, Архангельська область, РРФСР). В ув'язненні написав дві книги — «Геономія (Астрономічна географія)» (в слідчому ізоляторі Харкова, 1933) і «Ендогенна динаміка земної кори» (у Біломорсько-Балтійському таборі), рукописи яких не збереглися.
9 жовтня 1937 за постановою Особливої трійки УНКВС Ленінградської області засуджений до розстрілу.
3 листопада 1937 розстріляний у числі т. зв. «соловецького етапу». Місце розстрілу — урочище Сандармох, за півтора десятка кілометрів від робітничого селища Медвежа Гора (карельською мовою — Каргумякі, нині Медвеж'єгорськ, Республіка Карелія).
Реабілітований 1965 року. У березні 1990 посмертно поновлений у складі АН України.
Творчий спадок та наукові погляди
Степан Рудницький значною мірою засновник української геоморфології, антропогеографії, фізичної, політичної, соціально-економічної та демографічної географії. Особлива заслуга Рудницького в тому, що він започаткував картографічний напрямок в українській географії. Розробляти географічні карти українською мовою почав у Львові, продовжував на еміграції у Відні, а також у радянській Україні. Завдяки йому Україну чи не вперше було представлено в картографічних працях як цілісну просторову одиницю.
Оригінальну концепцію С. Л. Рудницький виклав у працях «Україна з політично-географічного становища» (1916), «Україна і великодержави» (1920), «Українська справа зі становища політичної географії» (1923). Ці праці Степана Рудницького, мабуть, найкращі у всій дотеперішній українській політології, мають і досі актуальне значення для справи державних змагань українського народу, формування його національної ідентичності, усвідомлення його ролі та місця в загальноєвропейському процесі демократичного оновлення. Концепція С. Л. Рудницького з'явилася у той час, коли виникла нагальна потреба інформувати світ про українські проблеми. В ній на оригінальній основі досліджуються і викладаються проблеми України, її національні, політичні, економічні і територіальні інтереси, наводяться докази для країн Західної Європи і світу про користь, яку вони могли б мати від утворення української держави. На основі аналізу політико-географічного розвитку та політичного життя Європи і світу С. Л. Рудницький приходить до висновку, що «тільки національним державам належить будучина. Модерна світова політика повинна підпирати творення винятково національних держав. Цього вчить досвід останніх століть». Стосовно української перспективи С. Л. Рудницький стояв на позиціях української національної державності. Це питання він розглядав у європейському контексті: «Утворення української національної держави в етнографічних границях є одиноким способом, щоб запобігти заколотам і конфліктам у південно-східному куті Європи, так важному для світового господарства й для світової політики. Без національної української держави доживемо в найкоротшому часі до нових тяжких воєнних і революційних катастроф».
Українська національна держава має формуватися у контексті геополітичних зв'язків з іншими державами і народами. Серед цих держав і народів найбільше значення відводилося Росії, Польщі і Німеччині.[5] Після Першої світової війни з'явилась низка так званих «окраїнних держав» в результаті розпаду Австро-Угорської, Османської, Німецької та Російської імперій і постало питання оборони їх національних інтересів. Це стало підставою для створення регіональних дипломатичних і військово-політичних союзів. На той час широко обговорювалося створення «Болто-Чорноморського союзу».[6] Деякі українські діячі того часу, зокрема Рудницький, висловлювалися «за» балтійсько-чорноморську співпрацю.[7][8]
С. Л. Рудницький вважав, що відсутність власної держави робить націю беззахисною у розв'язанні соціально-економічних, національно-політичних та інтелектуальних проблем. Без незалежної демократичної національної держави виникають умови для політичного, економічного та культурного гноблення одних народів іншими. Свідомість підневільної нації уражена комплексом неповноцінності, меншовартості, байдужості, лукавства до всього сущого «на нашій, не своїй землі». При таких спотворених умовах гідний і чесний представник українського народу не має перспектив для свого розвитку і повинен зникати, в той час як мерзенний і ганебний без докору і каяття множиться і розширює свій ареал. Річ у тому, що деспотія і демократія існують у різних вимірах, і те, що є сутністю першої, неприйнятне для другої. Вільний народ має свою національну школу, і вона виховує патріотів рідного краю, творить духовну й матеріальну основу їхнього гаразду. У народу-раба є чужа школа, яка не сприяє його духовному розвиткові. С. Л. Рудницький підкреслював, що самостійний народ, або нація, є частиною людства, що має лише їй притаманні неповторні «питомі прикмети», які об'єднують «усі індивідуа» в одну своєрідну цілісність:
расова належність (антропологічна відмінність),
окрема мова (з літературою, наукою тощо),
історичні традиції і змагання на культурній, економічній, політичній ниві,
своєрідна культура і прагнення до її збагачення,
суцільна національна територія як передумова і основа національної держави.
Маючи усі «питомі прикмети» самостійної нації, український народ своєї незалежності не зумів відстояти. С. Л. Рудницький вважав, що основна причина цього в слабкій загальній освіті української інтелігенції та у відсутності у неї здорової національної свідомості. Будівництво держави спиралося на «всякі сурогати». «Провідники» ніколи не вірили в державну незалежність України, за національний ідеал не боролися, духу нації не розуміли, до інтересів народу були байдужі. Інтелігенція, що формувалася на бездержавних традиціях, нездатна була виконати функції державної самоорганізації. Ці та інші ідеї С. Л. Рудницького щодо завдань українознавства було покладено в основу сучасної йому концепції. Згідно з цією концепцією, предметом українознавства є генезис, сутність, перспективи розвитку України й українства як природних, історично суб'єктних, всепланетарних феноменів.
Українознавство — шлях до самопізнання й самотворення українства, здійснення ним своєї історичної місії. Українознавство спрямоване на навчання та виховання особистості з високою національною, громадянською самосвідомістю, спроможною бути творцем у полікультурному просторі. Коли нація виборює свободу та право бути вільною серед інших, то ідеї державотворення в усій розмаїтості є конче необхідними для засвоєння кожною свідомою людиною. Важливо підкреслити методологічний внесок С. Л. Рудницького в розширення спектру українознавства.
Його уявлення щодо функцій географічного знання в системі українознавства мали перспективний та концептуальний характер: роль і функції географії необхідно витлумачувати в річищі культурологічного і народознавчого аспектів; вона є одним з найпошанованіших складників людського знання і культури в цілому, зокрема має слугувати важливим дійовим чинником формування самої духовності українського народу; географія є природничою наукою, але, маючи в собі антропогеографічну гілку досліджень, вона опиняється безпосередньо на межі з гуманітарним знанням широкого змісту. Такий підхід значно розширює систему українознавчих досліджень, поєднує соціогуманітарну і природничу методологію. Славнозвісний німецький географ Альбрехт Пенк, у якого С. Л. Рудницький навчався у Віденському університеті, доклав багато зусиль, щоб полегшити долю заарештованого учня, якого він підтримував упродовж усього життя. А. Пенк згадував у листі від 3 листопада 1933 року: «Я пишаюся тим, що підготував справжніх працьовитих учнів, серед яких хотів би назвати Степана Рудницького, про якого я, на жаль, останнім часом нічого не чую». А. Пенк писав у Ленінград з проханням створити можливість С. Л. Рудницькому для наукової праці. Але відповідь з Ленінграда на клопотання А. Пенка так і не надійшла.
У 1904 році в науково-популярному додатку № 12 львівського часопису «Учитель» виходить стаття С. Рудницького «Дещо про Антарктиду». Це була одна з перших в україномовному друці наукових публікацій на тему тоді ще маловивченого материка[5].
19 квітня 2007 року в Тернополі на честь вченого відкрито меморіальну дошку на будинку № 2 на бульварі Тараса Шевченка. Портрет вченого роботи Б.Ткачика стаціонарно експонується у відділі нової та новітньої історії ТОКМ. Фотопортрет вченого розміщено в історичному коридорі Української антарктичної станції «Академік Вернадський»[10].
За результатами засідання Національної ради з географічних назв від 16.10.2003 р. щодо найменування географічних об'єктів Антарктики було вирішено назвати ім'ям Рудницького острів з архіпелагу Фордж в районі Аргентинських островів (Морська Антарктика, 65° 14.008' S, 64° 16.795' W)[10].
У 2017 році одному з нових видів тихоходів (Tardigrada) з Морської Антарктики надано наукову назву на честь Степана Рудницького — Diphascon rudnickii sp. nov.[11]
На честь вченого в містах Дніпро і Київ його ім'ям названо вулиці.
Ставничий Т.Ґеоґрафія України (рецензія на: С. Рудницький, доцент Львівського унїверситету. Коротка ґеоґрафія України. — Ч. ІІ, з 48 малюнками. — Львів, 1914. — Накл. Укр. Пед. Тов. — 221 с.) // Дїло. — 1914. — 23—24 липня.
А. Блануца. Рудницький Степан // Політична енциклопедія. Редкол.: Ю. Левенець (голова), Ю. Шаповал (заст. голови) та ін. — К.:Парламентське видавництво, 2011. — с.644 ISBN 978-966-611-818-2
Шаблій О. І. Академік Степан Рудницький — фундатор української географії / О. І. Шаблій. — Львів-Мюнхен: Ред.-вид. відділ Львів. держ. ун-ту, 1993. — 223
Рудницький Степан Львович // Україна в міжнародних відносинах. Енциклопедичний словник-довідник. Випуск 6. Біографічна частина: Н–Я / Відп. ред. М. М. Варварцев. — К.: Ін-т історії України НАН України, 2016. — с.161-163