Ця стаття містить надмірні чи неприйнятні посилання на власні джерела. Будь ласка, допоможіть, вилучивши посилання на сумнівні джерела, де вони використовуються неналежним чином.
У травні 2006 року збори однієї з найстаріших українських православних громад Харкова — святого апостола Іоана Богослова — майже одноголосно (двоє утримались) вирішили увійти в підпорядкування патріарха Філарета. А вже у липні того ж року відбувся перший архіпастирський візит патріарха на Харківщину. Цей візит викликав шалений спротив з боку єпархії УПЦ МП. Але все це не завадило патріарху відвідати храми Харківщини, єпархіальне управління, а у церкві Іоана Богослова звершити молебень.
25 вересня 2020 року духовенство єпархії разом із правлячим єпископом взяли участь у церемонії прощання з одним із курсантів, які загинули в авіакатастрофі Ан-26. [4]
11 грудня 2020 року керуючий Харківською єпархією ПЦУ єпископ Митрофан провів зустріч в єпархіальному управлінні з представниками Релігійної громади "Свято-Миколаївської парафії" на чолі з ієреєм Павлом Кущем Харківсько-Полтавської єпархії Української Автокефальної Православної Церкви с.МурафаКраснокутського районуХарківської області. Громада звернулась за благословінням увійти до складу Харківської єпархії Православної Церкви України. Відповідно до виданого єпископом Митрофаном відповідного указу парафія прийнята до складу Харківської єпархії Православної Церкви України.[6]