Хасімото очолював японський уряд в період з 1996 по 1998.
У 1998 пішов у відставку, яка була викликана невдалим виступом Ліберально-демократичної партії Японії на виборах у верхню палату парламенту. На посту прем'єр-міністра його змінив Кейдзо Обуті.
З 2000 по 2001 займав пост державного міністра в кабінеті Йосіро Морі, відаючи питаннями адміністративної реформи. Після відставки Морі в 2001 році, він знову балотувався на посаду лідера ЛДП, але програв внутрішньопартійні вибори Дзюнітіро Коїдзумі.
У 2002 переніс складну операцію на серці, після якої остаточно оговтатися йому так і не вдалося. Хасімото Помер 1 липня2006 в Токіо на 69-му році життя.