У дорослому футболі дебютував 1996 року виступами за команду «Кадіс Б», в якій провів один сезон. Згодом з 1997 по 2001 рік грав у складі команд «Реал Бетіс Б» та «Рекреатіво».
Своєю грою за останню команду привернув увагу представників тренерського штабу головної команди клубу «Реал Бетіс», у складі якої дебютував 2001 року. Відіграв за клуб з Севільї наступні вісім сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Реала Бетіс», був основним гравцем захисту команди. За цей час виборов титул володаря Кубка Іспанії з футболу.
По результатах сезону 2008–09 «Бетіс» вибув з Прімери і Хуаніто заоишив команду, уклавши на правах вільного агента контракт з мадридським «Атлетіко», у складі якого провів наступні два роки своєї кар'єри гравця. Спочатку досвідчений захисник стаібльно виходив у стартовому складі мадридців, втім поступово втратив місце в «основі», а після придбання влітку 2010 року «Атлетіко» уругвайця Дієго Годіна взагалі перестав залучатися до головної команди клубу.
2011 року приєднався до складу клубу «Реал Вальядолід», у якому провів один сезон, після чого вирішив завершити кар'єру гравця.
Частина інформації в цій статті застаріла. Ви можете допомогти, оновивши її. Можливо, сторінка обговорення містить зауваження щодо потрібних змін.(грудень 2013)