На аверсі монети розміщено: угорі — малий Державний Герб України та напис «УКРАЇНА»; у центрі на матовому тлі — логотип Харківського національного аграрного університету імені В. В. Докучаєва, ліворуч від якого — портрет першого директора Маримонтського інституту земельного господарства Веніаміна Флята та назви міст, у яких здійснював свою діяльність університет; унизу: номінал «ДВІ ГРИВНІ», рік карбування «2016» та логотип Банкнотно-монетного двору Національного банку України (ліворуч).
На реверсі монети розміщено портрет В. В. Докучаєва, зображення сучасної будівлі університету та написи півколом: «ХАРКІВСЬКИЙ НАЦІОНАЛЬНИЙ АГРАРНИЙ УНІВЕРСИТЕТ» (угорі півколом), «ІМЕНІ В. В. ДОКУЧАЄВА» (над будівлею), «200 РОКІВ» (унизу).
