На 1939 рік H31 був одним з небагатьох підводних човнів свого типу, що дожили до Другої світової війни. Під час війни він діяв переважно поблизу британських берегів. У листопаді 1941 року взяв участь в операції з блокування німецького лінкора «Шарнгорст» у французькому Бресті, що передувало, так званому «зухвалому прориву» цього лінкора разом з «Гнейзенау» та важким крейсером «Принц Ойген» в лютому 1942 року до німецьких портів базування. Під час операції 19 грудня 1941 року H31 вийшов у свій дев'ятий бойовий похід, але затонув з невідомих причин, найймовірніше через підрив на мінному полі в Біскайській затоці 24 грудня 1941 року.
Colledge, J. J.; Warlow, Ben (2006) [1969]. Ships of the Royal Navy: The Complete Record of all Fighting Ships of the Royal Navy (Rev. ed.). London: Chatham Publishing. ISBN 978-1-86176-281-8.
Gröner, Erich; Jung, Dieter; Maass, Martin (1991). U-boats and Mine Warfare Vessels. German Warships 1815—1945. 2. Translated by Thomas, Keith; Magowan, Rachel. London: Conway Maritime Press. ISBN 0-85177-593-4.(англ.)