Спочатку командиром екіпажу був призначений Джон Янг, «STS-31» повинен був стати його сьомим польотом. Але після катастрофи шатла Челленджер, Янг перейшов на адміністративну посаду, і замість нього був призначений Лорен Шрайвер.
Вимушена затримка дозволила провести ряд удосконалень: сонячні батареї були замінені на більш ефективні, був модернізований бортовий обчислювальний комплекс і системи зв'язку, а також змінена конструкція космічного захисного кожуха з метою полегшити обслуговування телескопа на орбіті.