4 червня 1924 Святий Престол заснував на території Угорщини апостольський екзархат Мішкольца, який об'єднав 22 парафії, які раніше належали до Мукачівської та Пряшівської (тепер ― Архієпархія) греко-католицьких єпархій. Ці парафії опинилися на території Угорщини після Тріанонського договору. На відміну від парафій єпархії Гайдудорога, які використовували в богослужінні угорську мову, парафії Мішкольца ще використовували церковнослов'янську. Однак пізніше, до початку Другої світової війни, парафії екзархату Мішкольца також перейшли на угорську мову.
У 1972 році катедра апостольського екзархату була переведена з Мішкольца в село Мучонь (угор.Múcsony).
5 березня 2011 Конгрегація Східних Церков видала декрет «Ut aptius spirituali», яким передала апостольському екзархату Мішкольца 29 парафій Гайдудорозької єпархії.
20 березня 2015 апостольський екзархат Мішкольца був перетворений в єпархію, яка увійшла до складу новоствореної Гайдудорозької митрополії.
Єпископи
архієпископ Антал Папп (14 липня 1924 ― 24 грудня 1945);
єпископ Міклош Дудаш (14 жовтня 1946 ― 15 липня 1972);
єпископ Імре Тимко (7 січня 1975 ― 30 березня 1988);
єпископ Сілард Керестеш (30 червня 1988 ― 10 листопада 2007);
єпископ Петер Фюлеп Кочиш (апостольський адміністратор 2 травня 2008 ― 5 березня 2011);