У професійному футболі Саєд Мохаммад Джаафар дебютував 2004 року виступами за команду «Малкія», в якій провів три сезони. У 2007 році став гравцем клубу «Аль-Мухаррак». У складі цієї команди продовжує виступи натепер, за цей час 5 разів ставав чемпіоном Бахрейну, та 7 разів ставав володарем Кубка Бахрейну.