У дорослому футболі дебютував 1992 року виступами за команду клубу «Сокул» (Пневи), в якій провів два з половиною сезони, взявши участь у 66 матчах чемпіонату.
Влітку 1997 року Жонса став гравцем нідерландського клубу «Де Графсхап». Після двох сезонів його купив гранд місцевого футболу «Феєнорд». У першому сезоні команда Томаша виграла Суперкубок Нідерландів. Проте під час періоду, коли Жонса був з клубом, у період з 1999 по 2003 рік «Феєнорд» не зміг виграти жодного національного титулу, але 2002 рік став видатним роком для команди, коли вони виграли Кубок УЄФА, перемігши у фіналі«Боруссію» (Дортмунд) (3:2). Це дозволило команді зіграти у Суперкубку УЄФА 2002 року, але вони програли «Реалу» (1:3). Жонса зіграв обидва фінали. Всього польський легіонер відіграв за команду з Роттердама чотири сезони своєї ігрової кар'єри, взявши участь у 90 матчах чемпіонату.
У сезоні 2003/04 Жонса грав за белградський «Партизан», після чого повернувся до Нідерландів і ще три роки грав у місцевому чемпіонаті за «Геренвен» та «АДО Ден Гаг».
Завершив професійну ігрову кар'єру в австрійському клубі «Рід», за команду якого виступав протягом 2006—2008 років. У сезоні 2006/07 допоміг клубу зайняти найвище в історії місце в Австрійській Бундеслізі — друге. Всього за «Рід» Жонса провів 58 матчів за два сезони.
Виступи за збірну
1994 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Польщі, коли головним тренером став Генрик Апостел. Він зіграв половину матчу проти Саудівської Аравії і забив свій перший та єдиний гол. Після цього наступного виклику Жонса чекав 6 років.
У 2000 році він знову вийшов на заміну в програному матчі Польщі під керівництвом Єжи Енгеля проти Франції. З першої хвилини він вийшов тільки у своїй четвертій грі проти Нідерландів, а повний матч провів лише у 2004 році проти Угорщини.
У складі збірної був учасником чемпіонату світу 2002 року в Японії і Південній Кореї, де зіграв лише 20 хвилин з Португалією[2]. Натомість він був головним гравцем польської збірної, яка здобула путівку до чемпіонату світу з футболу 2006 року в Німеччині, але не був включений у фінальну заявку на той турнір чемпіонату.
Всього протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 13 років, провів у формі головної команди країни 36 матчів, забивши 1 гол[3].
Функціонерська кар'єра
З 2009 року був спортивним директором «Краковії»[4].
З 1 серпня 2011 року по жовтень 2013 року він також був менеджером збірної Польщі. Він повинен був піклуватися про імідж «кадри» в засобах масової інформації та спостерігати за польськими представниками[5].
З вересня 2014 року по 12 жовтня 2015 року, він служив помічником тренера Мацея Скоржи в «Леху»[6].