Ekeberg theo học ở Đại học Uppsala từ năm 1784, tốt nghiệp năm 1788, được bổ nhiệm làm docent[1] về hóa học năm 1794 và giảng nghiệm viên năm 1799.
Năm 1795, cùng với Pehr von Afzelius,ông đã đề nghị đặt tên khoa học bằng tiếng Thụy Điển cho Oxy (syre) Hiđrô (väte), Nitơ (kväve) trong tập sách Försök till svensk nomenklatur för chemien, lämpad efter de sednaste upptäckterne.