Sau mối quan hệ với nữ diễn viên Gwyneth Paltrow năm 1998, Affleck đã gây xôn xao với mối tình cùng diễn viên, ca sĩ Jennifer Lopez. Sau khi chia tay Lopez năm 2004, anh hẹn hò với Jennifer Garner. Hai người kết hôn năm 2005 và có với nhau 3 người con, gồm 2 con gái là Violet Affleck (sinh năm 2005) và Seraphina Affleck (sinh năm 2009) cùng một cậu con trai tên Samuel Garner Affleck (sinh năm 2012). 2 người li dị vào năm 2018 sau 3 năm sống li thân. Đầu năm 2021, anh tái hợp với bạn gái cũ Jennifer Lopez và tuyên bố tái đính hôn vào tháng 4 năm 2022[3].
Affleck có tham gia các hoạt động chính trị, cùng với một tổ chức phi lợi nhuận dành cho trẻ em có tên là A-T. Anh đã cùng với người bạn thân thời niên thiếu Matt Damon thành lập một công ty sản xuất có tên là LivePlanet.