Hai đội tuyển lọt vào trận chung kết diễn ra ngày 4 tháng 8 năm 2016 trên sân Mandalarthiri là Việt Nam và Thái Lan. Đội vô địch là Thái Lan sau khi chiến thắng 6–5 trong loạt sút luân lưu sau khi hòa 1–1 trong 120 phút thi đấu.
Các đội tham dự
Có 8 đội góp mặt tại giải. Các đội tuyển quốc gia của Indonesia vẫn còn trong thời gian bị FIFA cấm thi đấu khi các bảng đấu được công bố. Úc gửi tới giải đội U-20. Nhật Bản, Trung Hoa Đài Bắc và Hàn Quốc đều được mời dự giải[3] nhưng đều từ chối và do đó Đông Timor trở thành cái tên cuối cùng góp mặt.[4]
Các đội được xếp hạng trước tiên dựa trên điểm số (3 điểm cho một trận thắng, 1 điểm cho một trận hòa, 0 điểm cho một trận thua). Nếu hai đội trở lên bằng điểm, thứ hạng của các đội được phân định theo thứ tự ưu tiên sau:
Hiệu số bàn thắng bại trong tất cả các trận vòng bảng;
Số bàn thắng ghi được trong tất cả các trận vòng bảng;
Trong loạt đá luân lưu của trận chung kết giữa đội tuyển Việt Nam và đội tuyển Thái Lan, tranh cãi đã xảy ra tại lượt sút thứ sáu. Sau khi cầu thủ Rattikan Thongsombut (Thái Lan) thực hiện không thành công quả đá của mình, Nguyễn Thị Liễu trở thành cầu thủ giữ trọng trách đá quả đá quyết định cho Việt Nam. Thủ môn của Thái Lan tuy đã đẩy được cú sút của Liễu nhưng trái bóng lại bật tay thủ môn và lăn từ từ qua vạch vôi trước khi bị thủ môn, trong nỗ lực cứu thua, đá ra ngoài. Trọng tài chính công nhận đó là cú sút thành công, tuy nhiên trọng tài biên không công nhận khiến trận đấu kéo dài thêm 3 loạt sút nữa. Tại loạt sút thứ 9, phía Thái Lan thành công trong khi Trần Thị Phương Thảo của Việt Nam không thành công khiến đội tuyển nữ Việt Nam mất chức vô địch. Nhiều cầu thủ Việt Nam tỏ ra bức xúc trước quyết định của trọng tài, thậm chí đã có người không muốn lên nhân huy chương bạc để phản đối.[6] Giới truyền thông và người hâm mộ Việt Nam nhìn chung cho rằng đội tuyển của mình "bị trọng tài cướp mất chức vô địch"[7]
