Có nhiều ngữ hệ nhỏ, ngôn ngữ tách biệt, cũng như nhiều ngôn ngữ chưa được phân loại khác. Thêm vào đó, châu Phi rất đa dạng về ngôn ngữ ký hiệu, nhiều trong số này là ngôn ngữ ký hiệu tách biệt.
Chừng một trăm ngôn ngữ được sử dụng rộng rãi trong việc giao tiếp. Tiếng Ả Rập, Somali, Berber, Amhara, Oromo, Swahili, Hausa, Manding, Fulani và Yoruba là những ngôn ngữ được hàng chục triệu người nói. Nếu như hàng trăm ngôn ngữ tương tự nhau được gộp lại, thì mười hai ngôn ngữ được nói bởi 75% người dân châu Phi, mười lăm ngôn ngữ được nói bởi 85%, như ngôn ngữ thứ nhất hay thứ hai.[3]
Sự đa dạng ngôn ngữ học của nhiều nước châu Phi (chỉ mình Nigeria đã có hơn 500 ngôn ngữ[4]) đã khiến chính sách ngôn ngữ trở thành một vấn đề thời kì hậu thuộc địa. Những năm gần đây, các nước châu Phi mỗi lúc một xem trọng giá trị ngôn ngữ của họ. Chính sách ngôn ngữ hiện nay chủ yếu nhắm đến mục tiêu đa ngôn ngữ. Năm 2006 là "Năm của Ngôn ngữ châu Phi" của Liên minh châu Phi (AU).[5] Tuy nhiên, dù nhiều thứ tiếng vừa và nhỏ đã hiện diện trên radio, báo chí, và được giảng dạy trong các trường học, và vài ngôn ngữ lớn được xem là ngôn ngữ quốc gia, chỉ một số ít trở thành ngôn ngữ chính thức cấp quốc gia.
Nin-Sahara là một nhóm gây nhiều tranh luận với sự đa dạng cực kỳ trong hơn một trăm ngôn ngữ. Phân bố trãi ra từ thung lũng Nil tới bắc Tanzania và đến Nigeria và Cộng hòa Dân chủ Congo, với nhóm ngôn ngữ Songhay dọc theo trung lưu của sông Niger. Mối quan hệ giữa các ngôn ngữ này chưa được chứng minh chắc chắn.[6][7] Những thứ tiếng này cùng chia sẻ vài hình thái khác thường, nếu chúng có liên quan, đa số các nhánh con hẳn đã phải trải qua sự thay đổi lớn kể từ tách ra từ tổ tiên chung. Việc gộp vào cả nhóm Songhay cũng đang bị nghi ngờ.
Niger–Congo là ngữ hệ lớn nhất tại châu Phi và có lẽ cả thế giới khi tính đến số lượng ngôn ngữ. Một trong những đặc điểm nổi bật của nó là hệ thống lớp danh từ (noun class) phức tạp với sự hợp ngữ pháp. Lượng lớn ngôn ngữ trong hệ này có thanh điệu, như tiếng Yoruba, Igbo, Ashanti, và Ewe. Một nhánh lớn của hệ Niger–Congo là họ Bantu.
Afrikaans, cũng như đa số ngôn ngữ creole tại châu Phi, là ngôn ngữ Ấn-Âu. Afrikaans là ngôn ngữ Ấn-Âu duy nhất từng phát triển ở đây; do đó, nó là một ngôn ngữ châu Phi. Afrikaans được dùng khắp vùng Nam Phi. Đa số người bản ngữ Afrikaans sống ở Nam Phi, ở Namibia nó là lingua franca và ở Botswana và Zimbabwe nó là ngôn ngữ thiểu số với chừng mười nghìn người nói. Khắp thế giới, ước tính có 15 đến 20 triệu người nói tiếng Afrikaans.
Những hệ nhỏ
Mande, khoảng 70 ngôn ngữ, gồm các ngôn ngữ lớn tại Mali và Guinea. Chúng có khi được xem là một nhánh của Niger–Congo, nhưng ý kiến chung vẫn không thống nhất.
Ubangi, khoảng 70 ngôn ngữ, gồm các ngôn ngữ lớn tại Cộng hòa Trung Phi. Cũng có thể thuộc Niger–Congo.
Khoisan là một thuật ngữ (tiện dụng) để chỉ khoảng 30 ngôn ngữ được dùng bởi 300.000–400.000 người. Có năm nhánh ngôn ngữ Khoisan chưa được chứng minh có liên quan tới nhau: Khoe, Tuu, Kx'a, cũng như Sandawe và Hadza, hai ngôn ngữ tách biệt. Một đặc điểm nổi bật của Khoisan, và là lý do chúng được gộp chung với nhau, là sự hiện diện của phụ âm click (giống như tiếng búng lưỡi hay chắc lưỡi). Vài ngôn ngữ Bantu lân cận (như Xhosa và Zulu) cũng có tiếng "click", nhưng chúng bắt ngồn từ Khoisan. Khoisan cũng là ngữ hệ thanh điệu.
Ngôn ngữ chưa phân loại
Có một số lượng tương đối ngôn ngữ chưa phân loại ở châu Phi. Nhiều trong số này chưa được phân loại đơn giản vì thiếu tài liệu; một số ngôn ngữ được biết tới rõ hơn song không có phân loại rõ ràng là:
^Heine, Bernd; Heine, Bernd biên tập (2000). African Languages: an Introduction. Cambridge University Press.
^Epstein, Edmund L.; Kole, Robert biên tập (1998). The Language of African Literature. Africa World Press. tr. ix. ISBN0-86543-534-0. Truy cập ngày 23 tháng 6 năm 2011. Africa is incredibly rich in language—over 3,000 indigenous languages by some counts, and many creoles, pidgins, and lingua francas.
^Ethnologue (2009) cites 18,5 million L1 and 15 million L2 speakers in Nigeria in 1991; 5.5 million L1 speakers and half that many L2 speakers in Niger in 2006, 0.8 million in Benin in 2006, and just over 1 million in other countries.
