ε-變形菌 (学名 :Epsilonproteobacteria)[ 1] [ 2] 是一个革兰氏阴性 细菌纲 。此纲是五种變形菌 中最小的纲,只有少数属被鉴定出来,包括沃林氏菌 、幽门螺杆菌 和弯曲菌 。2021年ICSP修订细菌分类学之前,此纲被归类为假單胞菌門 ,修订之后被归类为弯曲菌门 [ 3] ,然而LPSN 却不承认该门存在。[ 4]
词源
ε-变形菌纲曾是变形菌门 (Proteobacteria,现称Pseudomonadota)中的一个纲。“Proteobacteria”得名于希腊海神 普罗透斯 (Proteus),他能够变化外形使人无法捉到他,故比喻这类细菌形态的多样性。希腊字母 “ε(epsilon)”是希腊字母表中的第五个字母,变形菌门初次被描述时,学者根据16S rRNA 基因序列分析,将其划分为五个纲,其中ε-变形菌纲是第五个被划分的纲,因此得名。[ 1] [ 5]
历史
2005年,Garrity等人基于16S rRNA 基因序列分析,将变形菌门 划分为五个纲,其中ε-变形菌纲为第五个纲,由弯曲菌目 形成。[ 5] 隔年,ε-变形菌纲正式被描述。[ 6]
2017年,Waite等人通过对16S和23S rRNA 基因以及120个单拷贝标记蛋白的分析,研究了ε-变形菌纲在细菌域中的系统发育 位置。他们的研究结果表明,ε-变形菌纲不再需要归入变形菌门内,并提议建立一个新的门,即ε-变形菌门(Epsilonbacteraeota)。同时,为彻底斩断ε-变形菌纲与变形菌门的联系,他们还建议将ε-变形菌纲更名为弯曲菌纲(Campylobacteria)。[ 7] 隔年,由于ICNP的规则调整,他们决定将原先建议的名称更改为弯曲菌门(Campylobacterota)。[ 8] 2021年,弯曲菌门正式得到有效发布,ε-变形菌纲也正式归入该门。[ 3] 然而,LPSN 却不承认该门存在,仍将其成员视为假单胞菌门的一部分。[ 4]
2020年,Cavalier-Smith在其研究中指出,根据ICNP第9条规则,ε-变形菌纲已成为无效名称。于是,Cavalier-Smith提议将ε-变形菌纲更名为鹦鹉螺菌纲(Nautiliia)。然而,这一提议未被广泛接受。[ 9]
描述
ε-變形菌是五种变形菌纲中最小的一种。此纲物种的细胞均为革兰氏阴性 ,且具有包围细胞壁 的内膜 和外膜 。其形态多为弯曲或螺旋状,除了卵硫菌 ,该属呈球状。[ 10] [ 11] 许多ε-變形菌具有鞭毛 运动能力,且已经进化出高速游动的能力,并且能够在固定肠道的粘性介质中游动。[ 12] 此外,ε-變形菌是一类微需氧 细菌。[ 13]
在深海热液 环境发现的ε-變形菌特征性地表现出化能自养 性,通过氧化还原 硫 、甲酸盐 或氢气 ,同时还原硝酸盐 或氧气 来满足其能量需求。[ 14] ε-變形菌使用逆三羧酸循环 将二氧化碳 固定为生物质 ,这种途径最初被认为对环境影响不大。该途径对氧气的敏感性与它们在这些环境中的微需氧或厌氧 生态位 相一致,亦与它们在中元古代 海洋中的可能进化相一致[ 15] 。据信,当时的海洋是含硫的,蓝藻 光合作用 中可利用的氧气含量很低。[ 16]
ε-变形菌被公认为现代海洋和陆地生态系统中普遍存在的菌类,在整个地球历史的生物地球化学和地质过程中发挥了重要作用。[ 15] 大多数已知物种作为共生菌 (牛中的沃林氏菌属 )或病原菌 (胃中的幽门螺杆菌属 ,十二指肠 中的弯曲菌属 )栖息在动物的消化道 中。在热液喷口和冷泉 栖息地中也发现了大量ε-變形菌的环境序列。[ 17] 对人类有致病性的属有弯曲菌属和幽门螺杆菌属等。[ 11]
参考文献
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