人类蛋白质组计划

人类蛋白质组计划
HUMAN PROTEOME PROJECT
内容
有機體	智人
相關信息
研究中心	人类蛋白质组组织（HUPO）
实验室	多个
访问入口
网站	www.thehpp.org; www.c-hpp.org
網絡服務地址	NextProt REST; GPMDB REST
工具
其他

人类蛋白质组计划（Human proteome project，缩写：HPP）^[1]是由人类蛋白质组组织（HUPO）^[2]协调的合作计划，目标是通过实验观察所有从人类基因组翻译序列产生的蛋白质。

历史

人类蛋白质组组织已成为许多长期运行的蛋白质组学研究项目的协调机构，这些研究项目与临床兴趣的特定人体组织有关，如血浆^[3]，肝^[4]，脑^[5]，和尿^[6]。它还负责与蛋白质大规模研究相关的具体技术^[7]和标准^[8]。

在科学文献中，将平行于人类基因组计划的一个更大项目的结构和目标被辩论^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]。经过2009年、2010年和2011年世界大会和一系列会议，人类蛋白质组组织将人类蛋白质组计划分为两个子项目C-HPP和B/D-HPP进行^[14]。其中C-HPP将分成25工作组，每个人类染色体1个工作组。而B/D-HPP将按照蛋白质的生物学和疾病相关性进行分组^[15]。

项目和工作组

当前设定的工作组列举如下（取自www.c-hpp.org （页面存档备份，存于互联网档案馆）），按照染色体顺序排序。

染色体	组长	所属机构国家或地区
1	Fuchu He	中国
2	Lydie Lane	瑞士
3	Toshihide Nishimura	日本
4	Yu Ju Chen	台湾
5	Rainer Bischoff	荷兰
6	Paul Keown	加拿大
7	Mark Baker	澳大利亚、新西兰
8	Pengyuan Yang	中国
9	Je-Yoel Cho	韩国，汉城
10	Joshua Labaer	美国
11	Jong Shin Yoo	韩国
12	Visith Thongboonkerd	印度、新加坡、台湾、泰国
13	Young Ki Paik	韩国
14	Jérôme Garin	法国
15	Gilberto B Domont	巴西
16	Fernando Corrales	西班牙
17	Bill Hancock	美国
18	Alex Archakov	俄国
19	Gyorgy Marko Varga	瑞典
20	Siqiu Liu	中国
21	Daniel Figeys	加拿大
22	Charles Lee	美国
X	Tadashi Yamamoto	日本
Y	Hosseini Salekdeh	伊朗
MT	Andrea Urbani	意大利

计算资源

由Eric Deutsch领导的、美国西雅图系统生物研究所（PeptideAtlas（英语：PeptideAtlas））的小组正在提供基于MS/MS的蛋白质组学结果的数据简化、分析和验证。与抗体方法相关的数据处理由在瑞典斯德哥尔摩的Kalle von Feilitzen（Human Protein Atlas）进行协调。在瑞士日内瓦SIB的Lydie Lane负责整体整合和报告信息（NeXtProt（英语：NeXtProt））。生成的所有数据都存入ProteomeXchange（英语：ProteomeXchange）数据库，作为HPP贡献的一部分。

现状

正在进行的按照染色体为基础的人类蛋白质组计划是《蛋白质组研究杂志》（Journal of Proteome Research）特刊（2014年1月3日，第13卷，第1期）的主题。整个项目的状态是在该期上的社论讨论^[16]。

一个单独的CHPP-维基（页面存档备份，存于互联网档案馆）已经被该项目的生物信息学组建立维护当前项目的信息，包括会议、活动、标准操作程序和其他特殊资源的个体染色体团队。

与蛋白质观察相关的置信水平的指标是本项目的关键组成部分。如何定义对所使用的各种实验协议有意义的指标是正在进行的辩论的主题：目前的共识度量已经被发布^[17]。

描述项目最新状况的杂志文章，并宣布推出“Missing ProteinPedia”可以在这里被发现^[18]^[19]。

参阅

参考资料

^ Legrain, P. et al. The human proteome project: Current state and future direction. Mol Cell Proteomics. 10:M111.009993 (2011).
^ HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress. Mol Cell Proteomics. 9:651-752 (2002).
^ Omenn, G.S. et al. Overview of the HUPO Plasma Proteome Project. Proteomics. 5, 3226-45 (2005).
^ He, F. Human liver proteome project: plan, progress, and perspectives. Mol Cell Proteomics. 4, 1841-8 (2005).
^ Hamacher, M. et al. HUPO Brain Proteome Project: toward a code of conduct. Mol Cell Proteomics. 7, 457 (2008).
^ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics. Proteomics. 8, 2156-9 (2008).
^ Uhlen, M. & Ponten, F. Antibody-based proteomics for human tissue profiling. Mol Cell Proteomics. 4, 384-93 (2005).
^ Orchard, S. et al. Current status of proteomic standards development. Expert Rev Proteomics. 1, 179-83 (2005).
^ Archakov A, et al. The Moscow HUPO Human Proteome Project workshop. Mol Cell Proteomics. 8:2199-200 (2009).
^ Baker MS. Building the 'practical' human proteome project - the next big thing in basic and clinical proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2009 11:600-2 (2009).
^ Editorial, The call of the human proteome. Nat Methods. 7:661 (2010).
^ Rabilloud T., et al. Is a gene-centric human proteome project the best way for proteomics to serve biology? Proteomics. 10:3067-72 (2010).
^ Editorial. A Gene-centric Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 9:427-429 (2010).
^ Paik, Y-K., et al. A Chromosome-Centric Human Proteome Project to Characterize the Sets of Proteins Encoded in the Genome. Nature Biotech.30: 221–3(2012).
^ Aebersold R., et al. The Biology/Disease-driven Human Proteome Project (B/D-HPP): Enabling Protein Research for the Life Sciences Community. J. Proteome Res. 12:23–27 (2013).
^ Paik Y-K., et al. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
^ Omenn GS., et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14:3452-60 (2015).
^ Horvatovich P., et al. A Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. Jun 15 (2015).
^ Baker, MS; et al. Accelerating the search for the missing proteins in the human proteome. Nature Communications. 2017, 8. doi:10.1038/ncomms14271.

外部链接

（英文）HPP project page (www.hupo.org) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
（英文）HPP web site (www.thehpp.org) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
（英文）Chromosome-centric HPP web site (www.c-hpp.org) （页面存档备份，存于互联网档案馆）
（英文）BD HPP web site (www.thehpp.org/BD-HPP.php)

[1] Legrain, P. et al. The human proteome project: Current state and future direction. Mol Cell Proteomics. 10:M111.009993 (2011).

[2] HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress. Mol Cell Proteomics. 9:651-752 (2002).

[3] Omenn, G.S. et al. Overview of the HUPO Plasma Proteome Project. Proteomics. 5, 3226-45 (2005).

[4] He, F. Human liver proteome project: plan, progress, and perspectives. Mol Cell Proteomics. 4, 1841-8 (2005).

[5] Hamacher, M. et al. HUPO Brain Proteome Project: toward a code of conduct. Mol Cell Proteomics. 7, 457 (2008).

[6] Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics. Proteomics. 8, 2156-9 (2008).

[7] Uhlen, M. & Ponten, F. Antibody-based proteomics for human tissue profiling. Mol Cell Proteomics. 4, 384-93 (2005).

[8] Orchard, S. et al. Current status of proteomic standards development. Expert Rev Proteomics. 1, 179-83 (2005).

[9] Archakov A, et al. The Moscow HUPO Human Proteome Project workshop. Mol Cell Proteomics. 8:2199-200 (2009).

[10] Baker MS. Building the 'practical' human proteome project - the next big thing in basic and clinical proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2009 11:600-2 (2009).

[11] Editorial, The call of the human proteome. Nat Methods. 7:661 (2010).

[12] Rabilloud T., et al. Is a gene-centric human proteome project the best way for proteomics to serve biology? Proteomics. 10:3067-72 (2010).

[13] Editorial. A Gene-centric Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 9:427-429 (2010).

[14] Paik, Y-K., et al. A Chromosome-Centric Human Proteome Project to Characterize the Sets of Proteins Encoded in the Genome. Nature Biotech.30: 221–3(2012).

[15] Aebersold R., et al. The Biology/Disease-driven Human Proteome Project (B/D-HPP): Enabling Protein Research for the Life Sciences Community. J. Proteome Res. 12:23–27 (2013).

[16] Paik Y-K., et al. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).

[17] Omenn GS., et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14:3452-60 (2015).

[18] Horvatovich P., et al. A Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. Jun 15 (2015).

[19] Baker, MS; et al. Accelerating the search for the missing proteins in the human proteome. Nature Communications. 2017, 8. doi:10.1038/ncomms14271.

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历史

项目和工作组

计算资源

现状

参阅

参考资料

外部链接

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