奇尼瓜齒獸目前已發現四個種。模式種是C. theotonicus,是由弗雷德里克·馮·休尼(Friedrich von Huene)在1936年敘述、命名。屬名是以化石挖掘地的Chiniquá為名。化石發現於巴西的聖瑪利亞組(Santa Maria Formation)、阿根廷的Los Chanares組地層,地質年代為三疊紀的卡尼階。目前已經發現許多頭顱骨,正模標本存放於德國蒂賓根大學。
^Abdala, F. & Giannini, N. P. Chiniquodontid cynodonts: systematic and morphometric considerations. Palaeontology. 2002, 45 (6): 1151–1170. doi:10.1111/1475-4983.00280.
^Christian F. Kammerer; John J. Flynn; Lovasoa Ranivoharimanana; André R. Wyss. The first record of a probainognathian (Cynodontia: Chiniquodontidae) from the Triassic of Madagascar. Journal of Vertebrate Paleontology. 2010, 30 (6): 1889–1894. doi:10.1080/02724634.2010.520784.
Von Huene. Die Fossilien Reptilien des südamerikanischen Gondwanalandes an der Zeitenwende (Denwa-Molteno-Unterkeuper = Ober-Karnisch). Ergebnisse der Sauriergrabungen in Südbrasilien 1928/29. (The fossil reptiles of South American Gondwana during the temporal transition) (Denwa-Molteno-Upper Triassic = Upper Carnian). Results of the excavations in South Brazil 1928/29, part II.) 1936. Pages 93-159.