古希臘學者托勒密在《地理志》中曾提到以希臘-埃及混合神祇塞拉比斯命名的城邦塞拉皮翁。它被认为是摩加迪沙的前身。公元一世纪的希腊旅行文件《厄里特里亚海纪事》(Periplus of the Erythraean Sea)中提到它是索马里沿岸的一系列商业港口之一。根据《纪事》,海上贸易已经将摩加迪沙地区的人民与印度洋沿岸的其他社区联系起来。索马里水手使用被称为beden的古代索马里海船来运输货物。
在這一系列的城邦之中,摩加迪休與週遭的幾個城市位於地理上最北端。關於「摩加迪休」這名稱的由來有兩種主要的說法,其中一種認為它是索馬利版本的阿拉伯語「Maqad shah」,意指「(波斯)國王的帝國設座」(Imperial seat of the Shah),暗示了波斯人可能與城市的奠基有所關聯。另一種說法認為它可能是斯瓦希里語「mwyu wa」(最北之城)的錯誤發音版本,暗示了摩加迪休是非洲東岸一系列斯瓦希里城邦裡面,最北的一個。當著名的阿拉伯旅行家伊本·白圖泰(Ibn Batuta)在1331年時來到非洲東岸時,他口中的「Maqdashu」已經是一個發展得非常龐大的貿易城市,所生產的布料等物資,甚至外銷輸送至包括埃及在內的其他地區。一直到今日,由第一任摩加迪休蘇丹在1269年時所興建的法赫魯·丁清真寺(Mosque of Fakhr ad-Din),仍然矗立在摩加迪休的市區內。
1993年6月5日,聯合國部隊嘗試將艾迪德所擁有的無線電廣播電台關閉,以制止其進一步散播反聯合國的言論,之後艾迪德的民兵們則進行反擊,在衝突中射殺了23名巴基斯坦籍的聯合國部隊士兵。為了懲罰這件事與9月時民兵對在市區內巡邏的美軍與聯合國部隊開火之舉動,美國陸軍在10月3日發動「代碼艾琳行動」(Operation Code Irene),出動精銳的遊騎兵部隊與三角洲特種部隊,搭乘UH-60「黑鷹」與MH-6「小鸟」直昇機,突襲摩加迪休市中心的民兵據點。在這次的行動中,美軍雖成功地逮捕到艾迪德的两位高階幕僚,但在任務策劃與執行時,因為對民兵火力威胁的低估,兩架美軍UH-60黑鹰直昇機遭到火箭推進榴彈(RPG)击中尾翼导致失控坠毁,百餘名美軍特種部隊在進行對墜毀直升機機組員的搜救任務時深陷民兵火網與路障,以致於美軍地面部隊一度困於市區中無法撤離。在這場被媒體稱為「摩加迪休之戰」的激戰中,共有18名美軍與1名馬來西亞籍戰車駕駛兵陣亡,數十人受傷,但相對的,索馬利亞方面估計約有500至1000名民兵死亡,3000至4000個普通民眾受到波及(由於欠缺準確的情報管道,各方估計的數字落差非常大)。摩加迪休戰役是美軍在越戰結束數十年後,第一次與敵對武裝勢力發生大規模的城市游擊戰,美國作家馬克·包登(Mark Bowden)事後收錄了自己幾篇關於此事件的專題連載,在1999年3月出版了《黑鷹計畫:一個現代戰爭的故事》(Black Hawk Down: A Story of Modern War)一書,這本書之後又由英國導演雷利·史考特(Sir Ridley Scott)改拍成紀錄性電影《黑鷹計畫》(Black Hawk Down)而使衝突事件與摩加迪休這城市廣為人知。
一直到今日,摩加迪休市區內仍然處於軍閥派系瓜分、時有槍火交戰的情況,正因為這混亂的局勢,2004年10月10日索馬利亞臨時國會是在隔鄰的肯亞首都奈洛比進行選舉,選出原邦特蘭共和國(Republic of Puntland,另一個從索馬利亞宣佈分離獨立的政治體)總統阿布都拉·尤素夫·阿罕默德(Abdullahi Yusuf Ahmed)擔任國家元首。然而,由於首都的安全考量,新成立的索國政府並沒有真的返回摩加迪休市內執行一個中央政府該有的業務與功能。