根據司马迁《
史記·陳涉世家 》,公元前209年
陈胜 在號召
大泽乡起义 時,對其他戍卒說:“王侯將相寧有種乎?”([他们]做王侯将相,难道他们是有血统遗传的吗?
[ 1] )。雖然陈胜的意思明顯是否定的,这常被引用为早期对遗传与环境的问题的提问
[ 2] 。
遗传度研究探寻遗传因素对人与人之间身高差异起到的因素,而非对于某个人来说,遗传因素如何影响身高。
遗传度 ,又称遗传力 ,是育种学 和遗传学 使用的一种统计量,用来估计某一性状在群体中有多大比例的变异是遗传因素决定的[ 3] ,测得变异也因环境因素效应变化(含测量误差)。根据是否是受到成长家庭影响,人类的环境因素常分为“共享环境因素”和“非共享环境因素”。
遗传度通过对群体中遗传相关个体的表现型变异进行估计。遗传度是定量遗传学 的重要概念,主要用于育种和行为遗传学 领域(如双生子研究 )。
概要
遗传度反映的是,可以归结于遗传变异的表现型变异幅度。这不是在说,个体的某一性状有多少是遗传导致的。因为即使未发生任何遗传改变,环境导致变异增加时,遗传性也可以改变。以智商为例:遗传和环境都可以影响智商,如果遗传变异增加,致使个体表现型变异上升,那么遗传度就会上升;如果环境变异下降,致使个体表现型变异下降,那么遗传度也会上升。因此,遗传度的大小关键在于遗传的相对贡献幅度。遗传度是因特定群体、特定环境而异的。
表现型受到环境的效应幅度也可能与所涉基因相关。基因对表现型的渠限化 使得遗传度更加复杂,让其表达在所有环境中进行。基因型相同的个体也可能由于表型可塑性 表现出不同的表现型,让有些情况下遗传度更难测量。随着近年来分子生物学的发展,使得我们可以估计环境改变对个体基因转录活动变化的影响。然而,很多基因的转录也是不受环境影响的。[ 4]
人们应用统计学 估计遗传度的大小。由于遗传度与方差有关,它是对群体中个体变异的一种测量。遗传度可以是单变量的(单独研究一个性状),也可以是多变量的(同时研究多个性状)。这也允许对不同性状(如髮色 和眼睛色彩 )之间的共享遗传因素的比例进行测定。环境和遗传是相互作用的,通过遗传分析可以测试并研究这些互作。
遗传度分析的前提是:群体中存在相关变异。群体倘若不存在变异(每个个体都有或都没有),则不会存在遗传度。而实际上,所有的人类行为性状都存在变异,且几乎都存在一定的遗传度。[ 5]
定义
遗传度
所有的表现性都可被建模 为遗传和环境效应之和:[ 6]
表现型 (P ) = 基因型 (G ) + 环境 (E ).
性状的表现型方差(P),是下列效应之和:
Var(P ) = Var(G ) + Var(E ) + 2 Cov(G ,E ).
在设计的研究中,可以将Cov(G ,E )控制为0。此时,遗传度定义为:
H
2
=
V
a
r
(
G
)
V
a
r
(
P
)
{\displaystyle H^{2}={\frac {\mathrm {Var} (G)}{\mathrm {Var} (P)}}}
.
H 2 是广义遗传度。它反映了加性、显性、上位性和母父体效应(个体直接被父母的表型效应,如哺乳动物的产乳)对个体表现型变异的全部遗传贡献。
平均效应(加性方差)是遗传变异的主要成分,它是由于等位基因的加性作用产生的。由于父母各将基因座的一个等位基因传递给后代,亲子相似性决定于每个等位基因的平均效应。加性方差代表导致亲子相似性的遗传部分的变异。加性遗传部分占表型的方差通常称为狭义遗传度,定义为:
h
2
=
V
a
r
(
A
)
V
a
r
(
P
)
{\displaystyle h^{2}={\frac {\mathrm {Var} (A)}{\mathrm {Var} (P)}}}
大写的H 2 指广义遗传度,小写的h 2 指狭义遗传度。
有的性状是二元的,比如多指或是否患病。对于这些性状,可以认为存在一个阈值,多个位点的贡献的总和此值会显现为性状,遗传度也就可以估计、选择可以建模,这称为倾向阈值模型 。
加性变异对于自然选择 是重要的,如果出现了可以提高动物的适应性的变异,那么对于这个性状的选择就会直接与狭义遗传度相关。如果父母的平均与产下后代父母的平均产生差别,那么群体的平均就会改变。根据观测到的选择的反应可以算出狭义遗传度。这是人工選擇 或育种的原理。
例子
对于一个全显性位点,表现型值与加性和显性作用的关系的線性回歸 。
最简单的遗传模型是:一个位点上的两个等位基因(b和B)影响一个数量性状。
B 等位基因的数量可以是0、1、2。对于任何表现型,Bi Bj ,预期的表现型可以写成总体平均值之和、线性作用和显性离差:
P
i
j
=
μ μ -->
+
α α -->
i
+
α α -->
j
+
d
i
j
{\displaystyle P_{ij}=\mu +\alpha _{i}+\alpha _{j}+d_{ij}}
= 群体平均 + 加性效应 (
a
i
j
=
α α -->
i
+
α α -->
j
{\displaystyle a_{ij}=\alpha _{i}+\alpha _{j}}
) + 显性离差 (
d
i
j
{\displaystyle d_{ij}}
).
此位点的加性遗传方差是加性效应平方的加權平均數 :
V
a
r
(
A
)
=
f
(
b
b
)
a
b
b
2
+
f
(
B
b
)
a
B
b
2
+
f
(
B
B
)
a
B
B
2
,
{\displaystyle \mathrm {Var} (A)=f(bb)a_{bb}^{2}+f(Bb)a_{Bb}^{2}+f(BB)a_{BB}^{2},}
此处,
f
(
b
b
)
a
b
b
+
f
(
B
b
)
a
B
b
+
f
(
B
B
)
a
B
B
=
0
{\displaystyle f(bb)a_{bb}+f(Bb)a_{Bb}+f(BB)a_{BB}=0}
显性离差的方差也有类似的关系:
V
a
r
(
D
)
=
f
(
b
b
)
d
b
b
2
+
f
(
B
b
)
d
B
b
2
+
f
(
B
B
)
d
B
B
2
,
{\displaystyle \mathrm {Var} (D)=f(bb)d_{bb}^{2}+f(Bb)d_{Bb}^{2}+f(BB)d_{BB}^{2},}
此处,
f
(
b
b
)
d
b
b
+
f
(
B
b
)
d
B
b
+
f
(
B
B
)
d
B
B
=
0.
{\displaystyle f(bb)d_{bb}+f(Bb)d_{Bb}+f(BB)d_{BB}=0.}
估计遗传度
因为只有P 可以直接观测或测量,遗传度只能从遗传和环境不同的个体的相似度来估计。对此,需要使用统计学 分析方法。简单地来说,相比于亲缘关系远的个体,从遗传关系存在较大区别的个体(比如双生子、同胞、亲子)进行估计是最理想的。增加样本大小,可以使遗传度的标准误 下降。
对于非人类群体,可以通过控制实验的方法收集信息。比如对于牲畜,让一只种牛与许多只母牛产下后代是很容易的。然而这种對照實驗 一般无法在人类身上进行,而只能通过自然产生的关系和环境进行判定。
人类遗传度的研究通常使用收养设计,比如年幼分离,在不同环境下长大的同卵雙胞胎 。他们相同的基因型可以用来分离基因和环境的效应。此设计的局限是:宫内环境仍然是共享的,而且这样的双生子数量不多。更常见的方法是,通过比较同卵和异卵双生子相似度的差异来估计遗传度。但是同卵双生子也非基因完全相同,会导致遗传度的低估。也可用双生子研究对双生子和非双生子同胞进行研究,来研究如宫内竞争的现象(比如双胎输血综合征 )。
遗传度与群体中的遗传和环境因型的相对效应有关,并不是基因和环境因素对表现型贡献的绝对值。遗传度估计反映了遗传方差与环境方差的比例。
如果将遗传背景扩大,那么遗传度就会扩大(比如,可以进行远系繁殖,会提高VarG ),降低环境效应(降低VarE )也可产生相似的效果。因此,相同物种的不同群体同一性状可能会显示为不同遗传度。
观察性研究 或者因唤起作用(基因组通过对环境产生作用),G和E可能会共变,产生基因环境相关性 。根据用于不同的估计方法,遗传因素和共享或非共享环境因素有可能会、也可能不会与遗传度产生混杂。[ 7]
遗传度的常见误解
遗传度通常用遗传度指数来表示,范围为0到1。0意味着研究中某一性状在该群体中完全不由遗传因素解释;1表示完全是遗传导致的。
遗传度的正确理解是,群体中由于遗传因素导致变异的比例。它不代表个体性状发育时,遗传效应的程度。比如,性格的遗传度是.6,如果说一个人60%的遗传度是从父母遗传而来,另外40%来源于环境就是不正确的。
即使是高度遗传的性状(如眼睛色彩 )假定环境因素对于发育起到效应:比如适合生命生长的温度、大气层等等。“固定还是专性”是比“自然还是后天”更有助于理解区别——在特定的环境范围下,哪些性状更加“固定”(长鼻子)还是更加“专性”(对于环境改变更敏感,比如婴儿时学的语种)。
另一个有助于理解的区别是,哪些更有可能是适应(如脐带),哪些更有可能是适应的副产品(如肚脐眼),或者是由于随机变异引起的(肚脐眼的凸凹)。
估计方法
对于估计遗传度,主要有两种学派。
一种是芝加哥大学 休厄尔·赖特 发明的,之后被李景均 (芝加哥大学 )和J. L. Lush (爱荷华州立大学 )推广使用。是根据对相关系数和回归的分析。休厄尔·赖特 开发了路径分析 的方法估计遗传度。
第二种是R. A. Fisher 发明的,爱丁堡大学 、爱荷华州立大学 和北卡罗来纳州立大学 等学校后来进一步发展了此方法。它是根据对育种研究的方差分析 进行的,根据亲缘关系的组内分析进行估计。分析中使用了方差分析 的多种估计方差的方法。
回归和相关的估计方法
第一种估计遗传度的学派使用回归和相关。
选择实验
在一个人工选择实验中,选择强度(S)和对选择的反应(R)的关系。h 2 =R/S。
已知选择强度S (群体整体与选择的下一代父母的差别,也称为选择差数[ 8] )和对选择的反应R (后代和上一代整体平均的差),可以借助公式h 2 =R/S算出相应的遗传度。
亲代间的比较
对于亲代,基本来说:
h
2
=
b
r
=
t
r
{\displaystyle h^{2}={\frac {b}{r}}={\frac {t}{r}}}
r 可以被认为是关系的常数,b 是回归常数,t 是相关系数。
亲子回归
法蘭西斯·高爾頓 爵士1889年的数据显示后代身高(928人)与父母身高(205组)的平均有关。
可以通过对父母和后代性状的比较估计遗传度。后代与父母性状回归线的斜率与性状的遗传度接近。如果只用父母一人的值,遗传度就是斜率的两倍。由于后代的值总是倾向于回归到平均,这就是迴歸分析 名称的来源。DeFries Fulker 分析可以用只有一人发病的双生子数据估计遗传度[ 9] 。
同胞比较
通过对全同胞进行比较,可以简单地估计遗传度[ 10] 。当只有加性遗传作用,全同胞的表型相关系数就是相似程度的指数:共享一半遗传因素,共享全部环境因素。全同胞表型相关性是加性遗传度的上限。半同胞方法则对同父异母、同母异父的个体进行分析。
双生子研究
双生子之间气相心理性状的一致率DZ代表异卵双生子,MZ代表同卵双生子。
人类遗传度通常通过对同卵双生子的相似性进行比较。“双生子的研究的优点是:研究可将总体方差可以分为遗传、共享环境和独立环境,允许遗传度的精确估计”[ 11] 。异卵双生子共享一般的基因(假定研究的性状没有选型交配 ),同卵双生子遗传相似性是其两倍。对遗传度的粗略估计是将同卵和异卵双生子之间相关性 的差异加倍,即Falconer公式 H 2 =2(r(MZ)-r(DZ))。
共享环境效应c 2 是成长环境的共同之处。共享环境可以通过异卵双生子的相关性减去遗传度的一半进行计算(因为异卵双生子共享一半的基因),c 2 =DZ-1/2h 2 。独立环境方差e 2 反映了在相同环境下成长的同卵双生子的区别程度e 2 =1-r(MZ)。
传统双生子研究 的方法的部分批评没有考虑到上面提到的方法创新和改进。
多代谱系设计
对多代人进行研究可以提高结果的功效,可以使用类似于ASReml 的软件分解遗传和环境的多种混合,估计遗传度[ 12] 。此类研究有助于对类似于逆向因果、母体效应 和显性 、共享环境、母方基因效应的混杂进行控制[ 13] [ 14] ,但一般得到的遗传度估计的功效低于双生子研究。
方差分析估计法
另一种估计遗传度的方法是方差分析。
基础模型
以下是Kempthorne (1957 [1969])的基础讨论。以最基础的基因模型为例,基因型为Gi 的定量贡献为:
y
i
=
μ μ -->
+
g
i
+
e
{\displaystyle y_{i}=\mu +g_{i}+e}
g
i
{\displaystyle g_{i}}
是基因型Gi 的影响,
e
{\displaystyle e}
是环境影响。
如果种畜和随机母畜,后代会从种畜得到一半的基因,也会从随机的母畜得到一半的基因,后代的公式为:
z
i
=
μ μ -->
+
1
2
g
i
+
e
{\displaystyle z_{i}=\mu +{\frac {1}{2}}g_{i}+e}
组内相关
如果有两组后代可以比较,第一个与同一种畜的不同后代进行比较,方差会包含遗传方差(因为母畜并非相同)和环境方差,这本认为是“误差”项。
第二组后代是对半同胞之间平均进行的比较。除了误差 项,也因不同类型的半同胞增添了一项,组间相关性为:
c
o
r
r
(
z
,
z
′
)
=
c
o
r
r
(
μ μ -->
+
1
2
g
+
e
,
μ μ -->
+
1
2
g
+
e
′
)
=
1
4
V
g
{\displaystyle \mathrm {corr} (z,z')=\mathrm {corr} (\mu +{\frac {1}{2}}g+e,\mu +{\frac {1}{2}}g+e')={\frac {1}{4}}V_{g}}
因为环境效应是相互独立的。
方差分析
对于包括
n
{\displaystyle n}
个种畜和其平均的
r
{\displaystyle r}
个后代的实验,我们可以使用下面的方法计算方差:
种畜实验的方差
来源
自由度
平均的平方
期望平均平方
种畜群体之间
n
− − -->
1
{\displaystyle n-1}
S
{\displaystyle S}
3
4
V
g
+
V
e
+
r
(
1
4
V
g
)
{\displaystyle {\frac {3}{4}}V_{g}+V_{e}+r({{\frac {1}{4}}V_{g}})}
种畜群体之内
n
(
r
− − -->
1
)
{\displaystyle n(r-1)}
W
{\displaystyle W}
3
4
V
g
+
V
e
{\displaystyle {\frac {3}{4}}V_{g}+V_{e}}
1
4
V
g
{\displaystyle {\frac {1}{4}}V_{g}}
一项是半同胞之间的组内相关 。我们可以容易地算出
H
2
=
V
g
V
g
+
V
e
=
4
(
S
− − -->
W
)
S
+
(
r
− − -->
1
)
W
{\displaystyle H^{2}={\frac {V_{g}}{V_{g}+V_{e}}}={\frac {4(S-W)}{S+(r-1)W}}}
。可以从个体之间预期的平均平方的关系计算出预期平均平方。
有加性和显性项目的模型
对于有加性和显性成分的模型,单一位点的公式为:
y
i
j
=
μ μ -->
+
α α -->
i
+
α α -->
j
+
d
i
j
+
e
,
{\displaystyle y_{ij}=\mu +\alpha _{i}+\alpha _{j}+d_{ij}+e,}
此时,
α α -->
i
{\displaystyle \alpha _{i}}
是第i个等位基因的加性作用,
α α -->
j
{\displaystyle \alpha _{j}}
是第j个等位基因的加性作用,
d
i
j
{\displaystyle d_{ij}}
是第ij个基因型显性离差,
e
{\displaystyle e}
是环境。
可以根据不同关系群体评估不同的组间相关性。
将
V
a
{\displaystyle V_{a}}
作为加性遗传方差,
V
d
{\displaystyle V_{d}}
作为显性离差变异,这些指标的线性函数就是组间相关性。总体而言,
组间相关
=
r
V
a
+
θ θ -->
V
d
,
{\displaystyle =rV_{a}+\theta V_{d},}
r
{\displaystyle r}
和
θ θ -->
{\displaystyle \theta }
认为是
r
=
{\displaystyle r=}
P[ 从关系对中随机找出的等位基因 是亲缘相同的]
θ θ -->
=
{\displaystyle \theta =}
P[ 从关系对中随机找出的等位基因 是亲缘相同的]
计算方差成分的系数
关系
r
{\displaystyle r}
θ θ -->
{\displaystyle \theta }
同卵双生子
1
{\displaystyle 1}
1
{\displaystyle 1}
亲子
1
2
{\displaystyle {\frac {1}{2}}}
0
{\displaystyle 0}
半同胞
1
4
{\displaystyle {\frac {1}{4}}}
0
{\displaystyle 0}
全同胞
1
2
{\displaystyle {\frac {1}{2}}}
1
4
{\displaystyle {\frac {1}{4}}}
表亲
1
8
{\displaystyle {\frac {1}{8}}}
0
{\displaystyle 0}
双重表亲(父母均为同胞)
1
4
{\displaystyle {\frac {1}{4}}}
1
16
{\displaystyle {\frac {1}{16}}}
大型模型
当使用大的、复杂的家系估计遗传度时,对数据最有效的使用方法是最大似然法 模型。原始数据通常对同一个体存在三个或更多的数据点:种畜的代码、母畜的代码和一个或多个表型的值。多个表型的值可能代表多个性状,也可能是同一性状在不同测量时间的值。
现在流行的方法因为假定种畜和母畜高度的确定性,一般不会将母畜用概率表示。因为很少使用此种方法对野生动物进行测量,确定母畜并不是难事。也有考虑进雄畜不确定性的算法。
可以通过例如Pedigree Viewer[1] (页面存档备份 ,存于互联网档案馆 )的程序查看家系普,也可以使用ASReml 、VCE [2] 、WOMBAT [3] 或者BLUPF90 族程序[4] (页面存档备份 ,存于互联网档案馆 )进行分析。
对选择的反应
在对植物和动物的人工選擇 中,已知狭义遗传度
(
h
2
)
{\displaystyle (h^{2})}
可以用育种公式估计对选择的反应[ 15] :
R
=
h
2
S
{\displaystyle R=h^{2}S}
公式中,对选择的反应(R)定义为亲代到子代的平均差异,选择差异(S)定义为亲代平均与部分亲代的平均差异。
比如,想象一个植物育种师想要提高每穗玉米平均粒数。亲代平均产下100粒,而部分亲代产下120粒。如果h2 等于0.5,那么下一代每穗会平均多产下0.5(120-100) = 10粒,平均产下共110粒。
请注意,只有当基因型和环境干扰服从正态分布 ,比例才与
V
a
r
(
A
)
/
V
a
r
(
P
)
{\displaystyle \mathrm {Var} (A)/\mathrm {Var} (P)}
相等。
争议
遗传度突出的批评者包括Steven Rose [ 16] 、Jay Joseph [ 17] 和Richard Bentall ,注意力集中于行为科学 和社会科学 对遗传度估计的解读。Bentall称,为算出高分,遗传度分数通常通过违背常理的方式计算,这使得人们转移对研究发现的其他因素的注意力,比如儿童虐待导致成年的精神错乱[ 18] [ 19] 。
对测量遗传度的争议一般是对双生子研究 的。分子遺傳學 研究提供的遗传度下限一般会低于分子遺傳學 研究的现象称为丢失的遗传度问题 [ 20] 。Eric Turkheimer认为新近的分子学研究支持了传统对双生子研究的解读[ 20] ,然而基因与行为之间的关系的解释仍然不清楚[ 21] 。Turkheimer主张,基因与环境都是可以遗传的,不同的环境下遗传贡献不同,注意于遗传度会分散对其他重要因素的关注[ 22] 。然而,一般来说,遗传度的概念还是受到广泛应用的[ 14] 。
参见
参考资料
参考
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延伸阅读
外部链接