埃及航空990號班機 （MS990/MSR990）是埃及航空 的定期航班，來往開羅 和洛杉磯 ，中途停紐約 。在1999年10月31日，美國東岸時間 凌晨1:50分，航班墜落在马萨诸塞州 南塔克特島 以南60哩的大西洋 海上，導致機上217人全部死亡。[ 1]
執行MS990班機的是一架註冊編號為SU-GAP的波音767-366ER 客機，以埃及第十八王朝 的一位法老 图特摩斯三世 命名。該機為波音公司製造的第282架767，於1989年9月26日交付埃及航空，使用普惠PW4060引擎。[ 1]
990號班機座艙機組人員包括57歲的機長 艾哈邁德·哈巴希，36歲的副機師 阿德爾·安瓦爾，52歲的後備機長拉烏夫·努爾丁，59歲的後備副機長賈邁勒·巴圖提，以及埃及航空767的首席機長哈特姆·魯什迪。哈巴希機長在埃及航空工作逾35年，累計飛行約14,400小時，其中駕駛波音767的時間累計達到6,300小時以上。後備副機長巴圖提駕駛波音767的時數亦接近5,200小時，總飛行時間約12,500小時。[ 1] [ 1]
當時巡航機組計劃在飛行數小時後接班，但後備副機長於起飛後20分鐘進入駕駛艙，要求接班。總機長最初對此表示抗議，但後來接受了這一請求。[ 1]
這班波音767-366ER 客機（註冊編號：SU-GAP）在甘迺迪國際機場 起飛往開羅 後30分鐘，從雷達 上消失，並與控制塔 失去聯絡。飛機由原定的飛行高度急降至16,000呎，再爬升至24,000呎，最後就一直急降至墜落在大西洋海上，整個過程只有36秒。
航機載有14名機組人員 （4名飛行員，當中2名是後備機長和機師，加上10名服務員），和203名乘客（來自7個國家，包括美國 、加拿大 、埃及 、德國 、蘇丹 、敘利亞 和津巴布韋 ），[ 2] [ 3] [ 4] [ 5]
國籍
乘客
機組
合計
美国 100
0
100
埃及 75
14
89
加拿大 21
0
21
叙利亚 3
0
3
苏丹 2
0
2
德国 1
0
1
辛巴威 1
0
1
總計 203 14 217
飛行紀錄 顯示飛機移動升降舵 來令飛機維持急降，機長和機師的控制紀錄顯示，他們的操作完全符合升降舵的移動來試圖挽救飛機。這個區域當時沒有其他飛機，也沒有證據顯示飛機曾發生爆炸。飛機的引擎全程操作正常，直至他們把它關掉且左邊引擎因壓力過大而脫落為止。
美國國家運輸安全委員會 （NTSB）認為備勤機師賈邁勒·巴圖提，在正機長離開駕駛室時控制飛機。他關掉了自動導航系統 ，並降低引擎動力，有意把飛機墜落在大西洋海上。[ 6]
這個結果引來埃及政府的不滿，後備機長親屬也表示無法認同，他們認為是飛機的機件問題而導致意外。在西方國家，埃及社群對這份報告十分不滿，他們認為埃及人不喜歡自殺。但埃及政府的理據經過美國方面的論證，全部都和事實不符。例如，埃及方面指升降舵失去控制，但美國方面指當時升降舵是處於「分裂的狀態」。在這種情況下，一邊是升而另一邊是降，這種情況在767上只有飛行人員的操作才會做到。
而這宗空難，則認為和阿爾蓋達 沒有關係。因為這次不同於911事件 ，機長是正常地離開駕駛艙，也沒有對乘客有額外的警愓。而這次事件也沒有證據證明有非駕駛員走入駕駛室來令飛機失事。不過，NTSB蒐集到關於後備機長的一些私生活等相關資料，查訪一些同事晤談得到關於後備機長的信息，及後備機長念讀句子的行為，則都被視為是後備機長控制飛機自殺的證據。
埃及方面提出767尾舵故障的問題事後有被FAA正視，並檢查當時營運的767機隊，但美方提出機師自殺的問題卻沒能防範，間接導致了日後如德國之翼航空9525號班機空難 的發生。
埃及航空已取消洛杉磯至紐約的航段，只保持紐約到開羅的航段，航班改為MS986，並改用波音777執行此航段。
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