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隐胞子虫病 （Cryptosporidiosis）是由頂複門 的隐孢子虫 造成的脊椎动物 肠道疾病，是导致人腹泻的主要原因之一。这是一类通过粪口途径 传播的疾病[ 1] [ 2] 小肠 肠上皮细胞的带虫空泡内。免疫缺陷患者（如艾滋病 病人）经常患有此类并发症，同时，由于免疫功能的不完善，寄生虫还可能会进入病人的肝 、肺 、胰 和胆囊 等器官，造成更为严重的病理反应。隐胞子虫病是一种水源性疾病（waterborne disease），病原体在水 中以卵囊（oocyte）形式存在并得以传播，对自然水中环境有较好的耐受性，因此饮用不洁净的水成为该病的主要患病原因。
隐孢子虫病最早发现于家鼠身上（Edward E Tyzzer, 1907）之后被证实为许多动物腹泻的主要原因之一。1976年在美国一名儿童身上发现第一例人类病例。1980年代人们对艾滋病 患者的研究发现，隐胞子虫是导致艾滋病病人肠炎的主要原因。历史上最出名的隐胞子虫病爆发发生在美国密尔沃基市 ，1993年春，由于取自密歇根湖 的饮用水遭到污染，有大约403,000名的市民（占城市总人口的26％）罹患该病。这一事件迫使密尔沃基 市政府对饮用水处理工厂进行了大规模的改造。
隐孢子虫是属于頂複門 真球蟲目 隱孢子蟲屬 的寄生虫。隐胞子虫的生命周期比较复杂，包括很难在体外进行培育。在宿主体内，它们一般是以单倍体的多核单细胞形式存在的，被称之为第一型分裂体（type 1 meront）。这一型的分裂体可以进行无性繁殖 ，每个细胞核同一部分细胞质结合成裂殖子（merozoite），之后在细胞内再进行染色体复制，形成新的细胞核和第一型分裂体。这个无性繁殖循环可以一直持续下去。
如果外部环境发生变化，隐孢子虫会转化为第二型分裂体（type 2 meront），这时候分裂体会形成大配子母细胞（macro-gametocytes）和小配子母细胞（micro-gametocyte），二者结合形成双倍体合子 。这是有性繁殖 阶段，合子再进行孢子生殖，形成含有大量单倍体孢子的卵囊，随粪便排出宿主体外。
隐孢子虫的卵囊对外界环境有较好的耐受性，在8摄氏度的淡水和海水中可以存活1年以上，在零下20度的低温环境下亦可存活。然而臭氧和过氧化氢可以有效杀灭卵囊，零下70度的低温，或者对水进行加热（64度5分钟，72度10秒）也可以杀死寄生虫。然而，由于西方社会没有煮白开水饮用的习惯，造成这种疾病疫情一而再，再而三地在英美等发达国家中爆发。
可以感染人类的隐孢子虫有人隐孢子虫 （Cryptosporidium hominis ）和小隐孢子虫 （Cryptosporidium parvum ）。另外，寄生于鸟类的鹌鹑源火鸡隐孢子虫（Cryptosporidium meleagridis ）和其他隐孢子虫也偶尔会感染人体。
隐孢子虫症的主要症状是腹泻，在患者粪便和体液中可以检测出大量病原体。免疫缺陷患者则易于引发肠炎，肺炎的疾病。潜伏期3天到6周，通常会延续4到6周，有转化为慢性的风险，没有特别的药物可以给予治疗。
隐孢子主要附在小肠壁微绒毛之间吸取宿主细胞的养分，由于某种未知的机制，虫体和宿主细胞形成带虫空泡，虫体寄生于带虫空泡内，实质上是细胞内寄生。
主要的防范措施是控制水和食物的品質，政府应积极倡导个人饮食卫生。
