خلال وقت الزفاف كان كارل يقاتل من أجل إدعاءه للعرش الإسباني ضد المرشح الفرنسي فيليبي، لذلك أصبح يُقيم في برشلونة الموالية له، وصلت إليزابيث كريستينه في أغسطس 1708 وتزوجت من كارل في 1 أغسطس في كنيسة سانتا ماريا دل ماربرشلونة، بما أن فيليببي لديه الوريث في ذاك الوقت، لهذا ضغط عليها لإنجاب الوريث لكارل على الفور،[4] خلال تواجدها في إسبانيا كانت لديها مراسلات كثيرة مع والدتها، والتي كانت بمثابة عزاء للضغط المستمر لإنجاب الوريث.[4]
في عام 1711 غادر كارل إلى فيينا لكي يصبح الإمبراطور خلفاً لشقيقه يوزف الأول، في حين بقيت هي في برشلونة، بحيث عينت الحاكم العام على كاتالونيا أثناء غيابه،[5] بحيث حكمت كاتالونيا لوحدها حتى 1713، عندما انتهت الحرب مع فيليبي بعد اعترف به من قبل حلفاء النمسا، كان دورها كالوصية هو الحفاظ على معنويات الكاتالونية لدعم كارل، قيل أنها أستطعت حكمها أفضل من كارل،[5] ثم لاحقته إلى النمسا.
الآن بصفتها الإمبراطورة وصفت إليزابيث كريستين مع سلفتها على أنهما أحرزا دوراً في الموسيقى والسلطة التقديرية والاجتهاد والتواضع، وأيضا استطعت القيام بدورها التمثيلي كإمبراطورة، ومع ذلك لم يسمح لها كارل بأي تأثير سياسي بعد وصولها إلى فيينا في 1713، وعلى الرغم من أنها وصفت بأنها ذكية ومكتفة ذاتياً، وأيضا أقامت صلات سياسية مع بعض الوزراء، وقد أخذت بعض المبادرات للانخراط في سياسة من تلقاء نفسها، في العشرينيات هذا القرن بدأ أن لها بعض التأثير من خلال المعاهدة مع القيصر الروسي وذلك من أجل علاقات أسرتها في شمال ألمانيا، وأيضا تحالفت مع فصيل المعارض من أجل منع زواج أحد بناتها لأحد أفراد أسرة الإسبانية الملكية.[6]
على الرغم من ضغط عليها من قبل زواجها لإنجاب الوريث الذكر، وهذا ما أحققته له في 1716 بعد إنجاب الأرشيدوق ليوبولد يوهان، ومع ذلك توفي بعد بضعة أشهر فقط، مما وجدت أن موقف أصبح صعباً وفقدان الثقة من قبل زوجها بسبب هذا الأمر،[4] وصف لها أطباء البلاط بجرعات كبيرة من الخمور لجعلها أكثر خصوبة، وهذا ما أعطى لها خدود حمراء طوال حياتها،[4] خلال فترة حملها في 1725، قام كارل بتزيين غرفة نومها بصور مثيرة للجمال الذكوري حتى يجعلها طفلها المتوقع ذكراً من خلال تحفيز خيالها،[4] بعد ذلك وصف لها الأطباء نظاماً غذائياً لزيادة خصوبتها مما جعلها سميناً للغاية لدرجة أنها أصبحت غير قادرة على المشي وأيضا عانت من مشاكل في التنفس والأرق والأستسقاء، اضطرت على استخدم كرسي متحرك.[7]
على الرغم من أن صحتها ادمرت من خلال وصفات مختلفة حول كيفية تخيلها للوريث الذكر، إلا أن كارل بدأ يهتم بدور عشيقاته أكثر فأكثر.[8]
كانت إليزابيث كريستينه بجانب حماتها الإمبراطورة إليونوره وسفلتها فيلهلمينه داعمات لبعضهن البعض؛ فحين أُصيبت إليزابيث كريستين بالجدري كانت فيلهلمينه إلى جانبها طوال الوقت، وأيضا إليزابيث كريستين بجانب فيلهلمينه خلال مرضها الأخير.
مع عام 1740 توفي زوجها كارل؛ بذلك انتقلت ممتلكات العائلة إلى ابنتها الكبرى ماريا تيريزا، مع وفاته لم تحصل إليزابيث كريستينه على دخل كبير حسب إرادة كارل الأخيرة، ومع ذلك وفرت ابنتها لها مكان مريحاً في بلاطها،[7] على الرغم من وجهات النظر التقليدية التي تعتقد بأن لها علاقة جيدة مع ابنتها الإمبراطورة، إلا أن لا يوجد شيء في الواقع يؤكد ذلك، بينما من المعروف أن ماريا تيريزا عبرت بحرية عن مشاعرها لأشخاص الذين اهتموا بها، إلا أنها لم تفعل ذلك الشيء مع والدتها، على الرغم من قيامها بزيارات منتظمة لوالدتها، إلا أنها كانت زيارات رسمية.
توفيت الإمبراطورة إليزابيث كريستينه في فيينا في 21 ديسمبر 1750، ودفنت في السرداب الإمبراطوري.
^Her tenure, from 12 October 1711 to 20 October 1740, is about seven months longer than either tenures of two other long-serving empresses, بياتريس الأولى, and إليونور ماغدالين من نيوبورغ.