اشترك 53 منتخب في التصفيات المشتركة ولكن كان يتم حساب 52 منتخب فقط على أساس أن منتخب جنوب أفريقيا هو مستضيف بطولة كأس العالم ومتأهل إليها تلقائيا ومنتخب أنغولا مستضيف كأس الأمم الأفريقية ومتأهل تلقائيا إليها ولكنهما شاركا في التصفيات من أجل التنافس في البطولة التي لا يستضيفانها .
تعتبر المرة الأولى منذ عام 1934 التي يشارك فيها مستضيف كأس العالم في التصفيات، وضع أنغولا يشبه وضع مصر في تصفيات كأس العالم السابقة عندما استضافت كأس الأمم الأفريقية لكرة القدم 2006.
قرر ساو توميه وبرينسيب وجمهورية أفريقيا الوسطى الانسحاب في سبتمبر وبالتالي تم تأهيل أفضل المنتخبات العشر وهما سيشيل وسوازيلاند إلى الدور الثاني وفي المقابل تم اتخاذ قرار بأن يلعب الصومال وجيبوتي في مواجهة بعضهما بدلا من المتأهلان . المباراة لعبت من جولة واحدة في جيبوتي حيث أن الاتحاد الدولي لكرة القدم منع إقامة أي مباريات دولية في الصومال بسبب عدم استتاب الأمن بينما لعبت المواجهتين من مباراتي الذهاب والإياب .
شارك في هذا الدور 48 منتخب (45 منتخب بطريقة مباشرة و3 منتخبات من الدور الأول) حيث تم توزيعهم على 12 مجموعة وأجريت القرعة في ديربان ، جنوب أفريقيا في 25 نوفمبر2007 . لعبت جميع المجموعات بطريقة الدوري الكامل في 2008 حيث تأهل أوائل المجموعات بالإضافة إلى أحسن 8 منتخبات احتلت المركز الثاني إلى الدور الثالث . بسبب استبعاد إثيوبيا وانسحاب إرتيريا فقد تم استبعاد نتائج المنتخبات التي احتلت المركز الثاني مع المنتخب الذي حل في المركز الأخير من أجل التساوي في تحديد المتأهل .
بالإضافة إلى أصحاب المركز الأول في المجموعات الإثني عشر سينضم لهم أفضل 8 منتخبات احتلت المركز الثاني . من أجل تحديد تصنيف صحيح فقد تم حذف صاحب المركز الرابع من أجل حساب جديد للنقاط .
تأهل إلى هذا الدور 20 منتخب (12 منتخب احتلوا المركز الأول في مجموعات الدور الثاني وأفضل 8 منتخبات احتلت المركز الثاني) وتم توزيعهم على 5 مجموعات حسب القرعة التي أجريت في 22 أكتوبر2008زيورخ ، سويسرا . جميع المجموعات ستلعب بطريقة الدوري الكامل في سنة 2009 حيث سيتأهل أبطال المجموعات الخمسة إلى بطولة كأس العالم بينما سيتأهل أصحاب المراكز الأولى إلى كأس الأمم الأفريقية التي تستضيفها أنغولا .
التوزيع
تم توزيع المنتخبات حسب تصنيفها الشهري في أكتوبر2008 الصادر عن الاتحاد الدولي لكرة القدم والموضح عبر الرقم بين القوسين . تم اختيار منتخب من كل فئة ووضعه في مجموعة محددة .
أنهى منتخبا الجزائر ومصر المجموعة بنفس رصيد النقاط والأهداف والمواجهات المباشرة مما أدى إلى الاحتكام إلى مباراة فاصلة أسفرت عن فوز منتخب الجزائر 1-0 والتأهل إلى كأس العالم.
لم تقام تصفيات مؤهلة في عامي 1957 و 1959 حيث شاركت الفرق عن طريق الدعوة، في 1959 و 1976 لم تُقم مباراة نهائي؛ المقالة عن المباراة الحاسمة لتحديد بطل المجموعة.