لعب فويادين ستانويكوفيتش خلال مسيرته الاحترافية مع 4 أندية في أربعة عشر موسمًا وسجل خلالها 22 هدفًا ضمن 309 مباراة. حيث فاز في موسمين بالكأس وفي موسم واحد بالدوري.
خاض فويادين ستانويكوفيتش مسيرته مع نادي فاردار في موسم 1985–86 ليلعب معه أربعة مواسم، مشاركًا في 96 مباراة سجل خلالها 7 أهداف. ثم انتقل إلى نادي بارتيزان في موسم 1989–90 ليلعب معه أربعة مواسم، حيث شارك في 110 مباراة سجل خلالها 9 أهداف. لينتقل بعدها إلى نادي ديجرفورس في موسم 1993 ليلعب معه أربعة مواسم، مشاركًا في 69 مباراة سجل خلالها 5 أهداف. ثم انتقل إلى نادي تريليبورج[الإنجليزية] في عامي 1997-1999 ولمدة موسمين، مشاركًا في 34 مباراة سجل خلالها هدفًا واحدًا.[1]