Nach der Wahl von Bill Clinton wurde er schließlich im Januar 1993 dessen Nationaler Sicherheitsberater und behielt dieses Amt während der ersten Amtszeit Clintons bis März 1997. Einer seiner Assistenten war seit 1994 Neal S. Wolin, der 2009 stellvertretender US-Finanzminister wurde. Im Januar 1997 wurde er von Clinton als Nachfolger von John M. Deutch für das Amt des Direktors der Central Intelligence Agency (CIA) nominiert. Allerdings verzichtete er auf diese Berufung noch vor dem Abschluss des Bestätigungsverfahrens durch den US-Senat. Grund seines Rücktritts war, dass der US-Kongress ihn wegen verheimlichter Waffengeschäfte heftig kritisiert hatte.[1]
Nach seinem Ausscheiden aus dem Regierungsdienst wurde er 1997 Professor an der Georgetown University.[2] Lake engagierte sich darüber hinaus in zahlreichen außen- und sicherheitspolitischen Organisationen und war nicht nur Mitglied der Beratungsgremien von America Abroad und der Partnership for a Secure America, sondern auch für den Council on Foreign Relations und die Forschungseinrichtung Freedom House tätig. Zwischen 2007 und 2008 war er wiederum außenpolitischer Berater des US-Präsidenten Barack Obama. Trotz dieser Tätigkeit übernahm er jedoch keine Aufgabe im Kabinett Obamas, obwohl er erneut als möglicher CIA-Direktor genannt wurde.[3]
Er gehörte auch zu den Unterzeichnern von Global Zero, einer im Dezember 2008 gestarteten Initiative, welche eine vollständige nukleare Abrüstung weltweit zum Ziel hat.
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