Ernst Koerner besuchte ein Berliner Gymnasium, zugleich 1861 das Atelier von Hermann Eschke, dem er seine Hauptausbildung verdankt. Später arbeitete er auch bei Carl Steffeck und Gottlieb Biermann. Dann machte er Studienreisen an den Küsten der Nord- und Ostsee, im Harz, im nördlichen Frankreich (1868), in Italien, in England und Schottland (1872) und mit noch größerem Erfolg nach Ägypten und dem ganzen Orient (1873 und 1874). 1878, 1886 und 1905 war er erneut in Ägypten, 1882 in Spanien.
Ernst Koerner hatte aus seiner Ehe mit Auguste Heyl eine Tochter und drei Söhne: den Juristen und Genealogen Bernhard Koerner (1875–1952), Otto Koerner (1880–1940), später Senatsrat beim Reichspatentamt, und den Rittergutsbesitzer Ludwig Koerner von Gustorf (1888–1974).
Bekannt wurde Koerner vor allem durch seine Ägyptenbilder, auf denen er die altägyptische Architektur darzustellen pflegte, teilweise mit blutroten Sonnenuntergängen verbunden. Seine Malerei war von Eduard Hildebrandt beeinflusst.
Koerner, Ernst Karl Eugen. In: Friedrich von Boetticher:Malerwerke des 19. Jahrhunderts. Beitrag zur Kunstgeschichte. Band 1 /2, Bogen 31–61: Heideck–Mayer, Louis. Fr. v. Boetticher’s Verlag, Dresden 1895, S. 745 –746 (Textarchiv – Internet Archive).
Andreas Koerner: Ernst Koerner (1846–1927). Ein Berliner Maler. In: Der Bär von Berlin, Band 53 (2004), S. 75–94.
Wolfgang Kosack: Ernst Koerner, ein Berliner Orientmaler des 19. Jahrhunderts. (mit Werkverzeichnis und Themenliste seiner Gemälde) Verlag Christoph Brunner, Basel / Berlin 2015, ISBN 978-3-906206-19-6.
Alfried Nehring: Hermann Eschke. Klippen und Küsten. Ein Urgestein der Berliner Malerei im 19. Jahrhundert. Klatschmohnverlag, Bentwisch / Rostock 2012, ISBN 978-3-941064-32-4, S. 36–37.
Hermann Alexander Müller: Biographisches Künstler-Lexikon der Gegenwart. Bibliographisches Institut, Leipzig 1882.
Ernst Koerner. In: Hans Vollmer (Hrsg.): Allgemeines Lexikon der bildenden Künstler des XX. Jahrhunderts. Band6, Nachträge H–Z. E. A. Seemann, Leipzig 1962, S.155 (Textarchiv – Internet Archive – Leseprobe).