Der Vater war Franz Bernhard Joseph von Stein (1770–1834), bis 1806 Assessor am Reichskammergericht in Wetzlar. Die Mutter, Anna Maria Walpurgis, geborene von Hommer (* 1780), war die Tochter des Reichskammergerichts-Assessors und späteren Präsidenten des preußischenHofgerichts Koblenz Peter Melchior Freiherr von Hommer.[2] Die Familie war evangelisch.[3]
Ferdinand von Stein heiratete zwei Mal: 1.) 1826 Caroline Freiin Schenck zu Schweinsberg (1800–1832), Tochter des Hauptmanns Ludwig Freiherr Schenck zu Schweinsberg auf Hermannstein und Sorge 2.) 1832 Adriane Gräfin von Leiningen-Westerburg-Altleiningen (1817–1858), Tochter des Grafen Friedrich von Leiningen-Westerburg-Altleiningen. Aus diesen Ehen gingen hervor:
Luise (* 1829) heiratete 1850 Otto von Fransecky, Königlich-Preußischer Oberstleutnant
Marie (* 1834) heiratete 1872 Friedrich von Rougemont, Königlich-Preußischer Staatsrat im Fürstentum Neuenburg († 1876)
Paul Schnitzer: Verwaltungsbeamte im Gebiet des heutigen Kreises Bergstraße seit 1821. In: Geschichtsblätter Kreis Bergstraße 6. Laurissa, Lorsch 1973, S. 7–56 (47–50).