Von 1971 bis 1991 war er Direktor des Landeshauptarchivs Koblenz und Leiter der Landesarchivverwaltung Rheinland-Pfalz.[4] Anschließend leitete er die Organisation und Ausrichtung der 2000-Jahr-Feier der Stadt Koblenz im Jahre 1992. Er war zudem Vorsitzender des Vereins für Geschichte und Kunst des Mittelrheins, Präsident der Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte (1971–1989) und Vorstandsmitglied des Arbeitskreises landeskundlicher Vereinigungen.[5] sowie der Gesellschaft für Rheinische Geschichtskunde (1972–1991). 1974 gründete er die Kommission des Landtags für die Geschichte des Landes Rheinland-Pfalz und war deren erster Geschäftsführer.[6] Er förderte die bildenden Künste als Mäzen und Ausstellungsinitiator.
Kaiser Heinrichs Romfahrt. Die Bilderchronik von Kaiser Heinrich VII. und Kurfürst Balduin von Luxemburg (1308–1313). Boldt, Boppard am Rhein 1965, DNB452004551.
Untersuchungen zur Geschichte des Benediktinerinnenklosters Pfalzel bei Trier (ca. 700 bis 1016) (= Studien zur Germania Sacra. 5, ISSN0585-6035 = Veröffentlichungen des Max-Planck-Instituts für Geschichte. 15). Vandenhoeck & Ruprecht, Göttingen 1966, DNB456983465.
Nationalsozialismus im Alltag. Quellen zur Geschichte des Nationalsozialismus vornehmlich im Raum Mainz-Koblenz-Trier (= Veröffentlichungen der Landesarchivverwaltung Rheinland-Pfalz. Band 9, ISSN0556-834X). Boldt, Boppard am Rhein 1967, DNB457670118.
Das Stift St. Simeon in Trier (= Germania Sacra. NF 41 = Das Erzbistum Trier. 9). de Gruyter, Berlin u. a. 2002, ISBN 3-11-017224-0 (Digitalisat).
Das St. Marien-Stift in (Trier-)Pfalzel (= Germania Sacra. NF 43 = Das Erzbistum Trier. 10). de Gruyter, Berlin u. a. 2005, ISBN 3-11-018419-2 (Digitalisat).
Das St.-Marien-Stift in Kyllburg (= Germania Sacra. NF 48 = Das Erzbistum Trier. 11). de Gruyter, Berlin u. a. 2007, ISBN 978-3-11-019472-2 (Digitalisat).
Herausgeberschaften
Parole der Woche. Eine Wandzeitung im Dritten Reich. 1936–1943 (= dtv. 2936). Deutscher Taschenbuch-Verlag, München 1983, ISBN 3-423-02936-6.
Rheinland-Pfalz entsteht. Beiträge zu den Anfängen des Landes Rheinland-Pfalz in Koblenz 1945–1951 (= Veröffentlichungen der Kommission des Landtages für die Geschichte des Landes Rheinland-Pfalz. Band 5). Eine Veröffentlichung aus Anlaß des Rheinland-Pfalz-Tages 1984. Boldt, Boppard am Rhein 1984, ISBN 3-7646-1849-3.
mit Johannes Mötsch: Balduin von Luxemburg. Erzbischof von Trier – Kurfürst des Reiches. 1285–1354. Festschrift aus Anlass des 700. Geburtsjahres (= Quellen und Abhandlungen zur mittelrheinischen Kirchengeschichte. Band 53, ISSN0480-7480). Verlag der Gesellschaft für Mittelrheinische Kirchengeschichte, Mainz 1985, DNB850750423.
mit Odilo Engels, Franz Staab und Stefan Weinfurter: Die Salier und das Reich. 3 Bände (Band 1: Salier, Adel und Reichsverfassung. Band 2: Die Reichskirche in der Salierzeit. Band 3: Gesellschaftlicher und ideengeschichtlicher Wandel im Reich der Salier.). J. Thorbecke, Sigmaringen 1991, ISBN 3-7995-4133-0.
mit Anton M. Keim: Auf der Suche nach neuer Identität. Kultur in Rheinland-Pfalz im Nachkriegsjahrzehnt (= Veröffentlichungen der Kommission des Landtages für die Geschichte des Landes Rheinland-Pfalz. Band 20). von Hase und Koehler, Mainz 1996, ISBN 3-7758-1349-7.
Johannes Mötsch (Hrsg.): Ein Eifler für Rheinland-Pfalz. Festschrift für Franz-Josef Heyen zum 75. Geburtstag am 2. Mai 2003 (= Quellen und Abhandlungen zur mittelrheinischen Kirchengeschichte. Band 105). 2 Bände. Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte, Mainz/Trier 2003, ISBN 3-929135-39-6.
Wolfgang Schütz: Koblenzer Köpfe. Personen der Stadtgeschichte. Namensgeber für Straßen und Plätze. 2., überarbeitete und erweiterte Auflage. Verlag für Anzeigenblätter GmbH, Mülheim-Kärlich 2005, OCLC712343799, S. 243 f.
↑Pirmin Spieß: Wer ist Franz-Josef Heyen? In: Ein Eifler für Rheinland-Pfalz. Festschrift für Franz-Josef Heyen zum 75. Geburtstag am 2. Mai 2003 (= Quellen und Abhandlungen zur mittelrheinischen Kirchengeschichte. Band 105). Band 1. Hrsg. von Johannes Mötsch. Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte, Mainz/Trier 2003, S. XXIII–LIII.
↑Goldmedaillen die verliehen wurden. In: arenbergfoundation.eu. Arenberg Stiftung, 2. Juni 2019, abgerufen am 17. Januar 2023 (Goldmedaille der Arenberg-Stiftung): „wissenschaftlicher Berater der Arenberg-Stiftung, Essen“.
↑Marlene Nikolay-Panter: Politik und Gesellschaft in Briefen rheinischer Amerika-Auswanderer. In: Ein Eifler für Rheinland-Pfalz. Festschrift für Franz-Josef Heyen zum 75. Geburtstag am 2. Mai 2003 (= Quellen und Abhandlungen zur mittelrheinischen Kirchengeschichte. Band 105). Band 1. Hrsg. von Johannes Mötsch. Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte, Mainz/Trier 2003, ISBN 3-929135-39-6, S. 571–584.
↑Pirmin Spieß: Wer ist Franz-Josef Heyen? In: Ein Eifler für Rheinland-Pfalz. Festschrift für Franz-Josef Heyen zum 75. Geburtstag am 2. Mai 2003 (= Quellen und Abhandlungen zur mittelrheinischen Kirchengeschichte. Band 105). Band 1. Hrsg. von Johannes Mötsch. Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte, Mainz/Trier 2003, ISBN 3-929135-39-6, S. XXIV.