Gedenkmünze (Geschichtstaler) anlässlich der Übergabe der Studienanstalt an die neu errichtete Abtei Sankt Stephan im Jahre 1835: Bavaria führt einem Benediktiner zwei Knaben zu.
Das ehemals römisch-katholische Gymnasium wurde 1828 von König Ludwig I. gegründet und trat in die direkte Nachfolge des von 1582 bis 1807 bestehenden Jesuitenkollegs St. Salvator. Der König übergab die Schule 1835 der speziell dafür errichteten Benediktinerabtei St. Stephan. So wurde diese gemeinsam mit dem bayerischen Staat Sachaufwandsträger einer staatlichen Schule – eine einzigartige, historisch gewachsene Konstellation, bis heute Ursache manchen Missverständnisses hinsichtlich der rechtlichen Stellung der Schule: Das Gymnasium wurde rechtlich als Schule sui generis (eigener Art) definiert.
Anfang der 1990er Jahre war St. Stephan die letzte reine Jungenschule in Bayern,[2] obwohl schon seit 1978 einzelne Mädchen des benachbarten Maria-Ward-Gymnasiums zu den Kursen der Kollegstufe zugelassen waren. Bis Ende des Jahrzehnts wurden dann Mädchen auch regulär eingeschult.[3]
Seit dem Jahr 2000 liegt die Sachaufwandsträgerschaft bei der Stadt Augsburg als der zuständigen Kommune, wie es das Bayerische Schulfinanzierungsgesetz für staatliche Schulen grundsätzlich vorsieht. Nach wie vor sind Benediktiner von St. Stephan als Lehrkräfte an der Schule tätig und stellen ein Mitglied der Schulleitung.
Die legitime Fortführung der Schultradition des Jesuitenkollegs St. Salvator zeigt sich im Nutzungsrecht des Gymnasiums am Kleinen Goldenen Saal, dem einzigen erhaltenen Gebäudeteil des früheren Kollegs. Alljährlich finden hier unter anderem die Konzerte der Schule zu Ehren der heiligen Cäcilia von Rom statt, bei denen Schülerinnen und Schüler als Solistinnen und Solisten sowie in Ensembles (beispielsweise Chor, verschiedene Orchester, Big-Bands) auftreten. Auch die jährliche Verleihung der Abiturzeugnisse wird als Festakt im Kleinen Goldenen Saal vorgenommen.
Organisation
Das Gymnasium bei St. Stephan besitzt drei Zweige:
den Humanistischen Zweig mit den Fremdsprachen Latein, Englisch und Alt-Griechisch;
den Musischen Zweig mit den Fremdsprachen Latein und Englisch sowie Musik als Kernfach ab Jahrgangsstufe 5;
der Naturwissenschaftlich-technologische Zweig (Fremdsprachen Latein und Englisch) wurde zum Schuljahr 2024/25 angegliedert.[4]
Seit dem Schuljahr 2009/2010 gibt es an der Schule Förderklassen für hochbegabte Kinder und Jugendliche. Im Jahr 2016 wurde die Schule vom Bayerischen Staatsministerium für Unterricht und Kultus zum „Kompetenzzentrum für Begabtenförderung“ ernannt.
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