Seit 1988 dirigiert Jacobs beim Centre de musique baroque de Versailles. Außerdem unterrichtete er an der Schola Cantorum Basiliensis. 1997 bis 2009 war er künstlerischer Leiter der Innsbrucker Festwochen der Alten Musik.
Als Dirigent vervollständigte er die Instrumental- und die Verzierung der Gesangsstimmen bei mehreren Barockopern. Auf CDs und DVDs gibt es zahlreiche Einspielungen unter seinem Dirigat. Unter anderem erhielt er mit Mozarts Hochzeit des Figaro den Classical Grammy Award 2005 für die beste Operneinspielung. Sein Beitrag zur internationalen Rezeption Telemanns wurde 2008 mit dem Georg-Philipp-Telemann-Preis gewürdigt. Mit der Zürcher Sing-Akademie nahm er Beethovens Oper Leonore in der Urfassung auf. Dabei zeigte sich Jacobs, so Eleonore Büning, als „der schnellste Beethoven-Operndirigent der Tonträgergeschichte“.[2] Im Jahr 2008 erhielt René Jacobs die Ehrendoktorwürde der Universität Gent.[3] Für sein Lebenswerk und für seine mehr als 260 Aufnahmen wurde René Jacobs mit zahlreichen, bedeutenden Auszeichnungen und internationalen Preisen geehrt.[4]