Toma su nombre por estar situada en las cercanías de la Basílica de Guadalupe. El nombre de la estación se debe a que originalmente esta estación fue inaugurada bajo el nombre únicamente de La Villa, debido a que está ubicada en la zona conocida como La Villa de Guadalupe, mientras que Basílica era la estación ahora llamada Deportivo 18 de Marzo debido a que al ser construida era la más cercana a la Basílica de Guadalupe; fue hasta el 24 de septiembre de 1996, que para evitar confusiones las dos estaciones cambiaron nombre a su nombre actual, juntando el símbolo y el nombre en esta estación, formado así La Villa-Basílica. Su emblema está formado por la silueta de la nueva Basílica (anteriormente símbolo de la estación Basílica) y una representación de la imagen de la Virgen de Guadalupe (anteriormente símbolo de la estación La Villa); también existe una variante en uno de los letreros exteriores con la imagen de la Coatlicue, ya que en la época prehispánica existió un templo dedicado a la diosa Coatlicue o Tonāntzin.