Su tío, Enrique VIII, en su testamento le dio preferencia, en el caso de que sus hijos Eduardo, María e Isabel murieran sin herederos, a los hijos de su hermana menor María Tudor, duquesa de Suffolk, por sobre los hijos de su hermana Margarita, debido a la relación de ésta con la corona escocesa. De esta forma ponía impedimentos para que la corona inglesa recayera sobre una cabeza extranjera.
Su hijo Enrique nació en Inglaterra, por lo tanto no estaba excluido del testamento de Enrique VIII. Al ser católico, Margarita pensó en casarlo con su prima María Estuardo de Escocia, quien a su vez aspiraba que su prima Isabel I la nombrara su heredera, dejando de lado el testamento de su padre.
El mundo católico consideraba a la reina de Escocia como reina de Inglaterra al morir María I, y no así a la protestante Isabel.
En 1560, cuando María Estuardo quedó viuda de su primer marido Francisco II de Francia, Margarita le envió a su hijo para que los jóvenes se conocieran.
En 1565 se realizó el matrimonio el que no fue aprobado por la reina Isabel, debido al reforzamiento que este significaba para su prima y rival de Escocia como pretendiente a su trono. Al no tener la venia de la reina, el matrimonio es declarado un acto subversivo y Margarita es recluida en la Torre de Londres hasta nuevo aviso.
En vano fueron las cartas enviadas por la nuera a los diplomáticos y a la misma reina para lograr su liberación.
Muerte de Enrique
Enrique Estuardo.
También en Escocia el matrimonio entre María y su primo fue visto con malos ojos, principalmente por Jacobo Estuardo, I conde de Moray, medio hermano de María. Los opositores a la unión de la que ya había nacido un hijo (Jacobo VI de Escocia y I de Inglaterra) asesinaron a su propio rey el 10 de febrero de 1567.
Del homicidio fue incluso acusada su esposa, quien fue puesta en prisión. De momento, fue nombrado rey de Escocia el pequeño Jacobo con el nombre de Jacobo VI.
Margarita, quien en un principio responsabilizó a su nuera por la muerte de Enrique, se reconcilió con ella para que el niño fuera llevado a Inglaterra para ser educado ahí. El proyecto, sin embargo, nunca se llevó a cabo y Jacobo creció en Escocia bajo la regencia de su tío Moray.
Nuevamente en prisión
Una vez liberada, Margarita fue encarcelada nuevamente, esta vez junto a su consuegra Bess de Hardwick, acusadas por la reina Isabel de proyectar un nuevo matrimonio, esta vez entre sus respectivos hijos Carlos Estuardo e Isabel Cavendish, sin su consentimiento.
En 1576 pierde también a su hijo Carlos, Conde de Lennox. Ella y Bess buscaron inútilmente de obtener el título de Lennox para la pequeña hija de este.
Muerte
Margarita murió el año 1578. María Estuardo, prisionera en Inglaterra durante 19 años antes de ser ajusticiada en 1587, trató de conseguirle a la pequeña Arabella las joyas de su abuela, pero fue inútil.
Jacobo, a la muerte de Isabel I en 1603 unió los reinos de Inglaterra y Escocia bajo su corona.
