Universidad Autónoma del Caribe Fútbol Club surgió del equipo de fútbol universitario de la Universidad Autónoma del Caribe. Empezó jugando en la categoría Primera C de la cual fue subcampeón en 2010 tras perder la final contra EHC Gobernación-Electrohuila de Neiva, Huila. A finales de la temporada 2010, la Universidad compró la ficha del Atlético de la Sabana de Sincelejo.
El club fue creado a nivel profesional con el impulso de la rectora de la época en la Universidad, Silvia Gette, quien fue retirada del club y de la institución educativa debido a su presunta responsabilidad en la misteriosa muerte del rector fundador Mario Ceballos Araújo y el asesinato del ganadero Fernando Cepeda.[5][6][7]
El 6 de febrero de 2011, ante su rival de plaza, el Barranquilla Fútbol Club, a las 4:13 p. m., Orlando "El Fantasma" Ballesteros anotó a los 43 minutos de juego el primer gol en la historia del Uniautónoma F.C. al arquero Levid Martínez, en partido correspondiente a la segunda jornada de la Primera B. El cotejo quedó 2-1 a favor de Uniautónoma.[9]
La eliminación del equipo de la Universidad Autónoma del Caribe de la Copa Colombia 2012 a manos del AtléticoBucaramanga, hizo que saliera de la dirección técnica el nariñense Félix Valverde Quiñones.
Tras la salida de Félix Valverde, José Manuel 'Willy' Rodríguez fue nombrado nuevo adiestrador universitario para lo que resta de la temporada 2012 de la Primera B.[13]
Para la temporada 2014, en lo que respecta al primer semestre, Uniautónoma debutó con triunfo frente al Deportes Tolima y un empate ante Junior, pero no logró consolidar una buena campaña tras ganar 4 partidos, empatar 5 y perder 9, ubicándose en la posición 17 superando solamente al Deportes Tolima.
En el Torneo Apertura 2013 Uniautónoma F.C. se ubicó segundo en la tabla de posiciones del torneo a 7 puntos del América de Cali que terminó como líder.
Aunque el equipo obtuvo buenos resultados, en la última fecha debía enfrentar a Cortuluá en condición de visitante y solo le servía ganar para que privara su posición con el denominado "punto invisible", algo que lo hizo sin problema alguno con una victoria 2-0.
Cabe destacar que la Uniautónoma FC a raíz del título obtenido obtuvo el privilegio de jugar la final de año con el campeón del Torneo Finalización 2013 que posteriormente sería Fortaleza Fútbol Club.
El 3 de diciembre lograron el ascenso a Primera División tras ganarle a Fortaleza Fútbol Club 2-0 en el partido de ida, disputado en el Estadio Metropolitano de Techo de la ciudad de Bogotá e igualar 1-1 con este mismo equipo en el Estadio Metropolitano Roberto Meléndez de la ciudad de Barranquilla. Al finalizar el partido, Uniautónoma FC se coronó campeón con un marcador global de 3-1. Participará por primera vez en la máxima categoría. Este triunfo fue dedicado por los mismos jugadores del equipo a quien fue su fundadora Silvia Guette, dedicatoria que fue polémica por los problemas judiciales que actualmente padece ella.[16][17][18]
Uniautónoma F.C. debuta en la Categoría Primera A el 25 de enero de 2014 enfrentando al Deportes Tolima en condición de local. Allí la "U" con doblete de Cristian Fernández y otro tanto de Jhon Méndez obtuvo su primera victoria ante aproximadamente 8 mil personas que asistieron. El partido se disputó en el estadio Metropolitano Roberto Meléndez de Barranquilla con marcador de 3-2 a favor de los "Delfines del Caribe" mostrando nuevas caras y la base que logró el ascenso.
Durante las dos primeras fechas el equipo mostraba solidez y mantenía su ritmo pero luego esa buena campaña se fue disipando ante los malos resultados que obtenía por su corta trayectoria en la Primera División, teniendo una discretísima presentación en su primer torneo de Liga.
El equipo universitario en el Torneo Apertura 2014 tuvo una mala campaña en la cual de los 18 compromisos que disputó solamente ganó 4, empató 5 y perdió 9 ubicándose así en el puesto 17.
En el Torneo Finalización 2014 el equipo de Barranquilla debía olvidar los malos resultados de su primer debut y esperar mejorías en este aparte de salvar la categoría. Las primeras fechas fueron 5 derrotas para el club, una de ellas fue el clásico con su rival de patio, el Junior de Barranquilla hasta que en la fecha siguiente volvió a la victoria frente a La Equidad.
Luego de este triunfo pasarían 8 fechas para que Uniautónoma F.C. volviera a la senda de la victoria y en un partido sorpresivo golea al Deportivo Cali en el Estadio Deportivo Cali por 0-4 manteniéndose con la esperanza de no descender y buscar todavía un cupo en los cuadrangulares semifinales. Además, le gana en Barranquilla al Independiente Santa Fe, lo que lo ayuda a mantenerse en la Primera Categoría un poco más de tiempo pero no le alcanza para entrar a los cuadrangulares.
En la última fecha del todos contra todos tuvo la obligación de ganarle al Atlético Huila y esperar resultados para mantenerse en la serie de Promoción y no descender de manera directa. En este torneo de los 18 compromisos disputados solamente ganó 4, empató 6 y perdió 8 ubicándose en el 16º puesto solo superando al Deportivo Pasto y a La Equidad.
En Armenia, los equipos se armaron y fueron en busca del partido. Sin embargo, las pésimas condiciones del terreno hicieron que las escuadras se movieran con dificultad en el campo de juego, lo que obligaba a lanzar pelotas largas a lo largo y ancho de la cancha. Al final fue un juego paupérrimo en el cual el marcador selló un empate 0-0, esperando que el juego mejorara en el partido de vuelta y con un sabor agridulce para el Deportes Quindío en su propio estadio.[19][20]
La serie fue muy distinta en Barranquilla, ya que ambos equipos debían entregarse al máximo. Por un lado Uniautónoma quién debía ganar obligatoriamente después de haber sacado un valioso empate en Armenia y aprovechar su condición de local para mantenerse en la Primera División y por el otro, el Deportes Quindío quién había perdido la categoría el año anterior. Luego de haber perdido contra Jaguares la final de año y el cupo directo a la Primera A, el equipo "cuyabro" tenía la esperanza de volver a Primera A mediante esta nueva oportunidad. Los primeros minutos de la primera mitad fueron muy intensos con llegadas claras del Deportes Quindío pero con falta de definición. Por otra parte, el equipo "Universitario" tramitaba y dominaba el balón pero carecía de un eje central que dominara el juego.
En la segunda parte del compromiso, el equipo currambero pudo sacar ventaja ante el equipo quindiano. Al minuto el jugador Mauro Manotas recibe un pase por sector derecho, engancha a un visitante y saca un remate cruzado imposible de detener para el guardameta Julián Meza. Cuando se acercaba el tiempo de reposición y el Deportes Quindío buscaba desesperadamente la paridad y obligar a definir la serie por penales, el samario James "Taganga" Castro logró anotar un gol más. Así, con un contundente 2-0 la "U" logró mantenerse en la Primera División del Fútbol Profesional Colombiano.[21][22]
Cabe tener en cuenta que en la instancia definitiva del ascenso, el club jugó como local en el estadio Metropolitano RobertoMeléndez de Barranquilla por motivos de televisión y logística a pesar del veto impuesto por el Junior que le impidió jugar en la capital del Atlántico.[26]
↑extranoticias.com.co (ed.). «Uniautónoma FC tiene dueño». Consultado el 3 de diciembre de 2013. «ras anunciar que como representante legal del equipo va a hacer la gestión para jugar en Barranquilla, teniendo en cuenta que el Junior tiene la posibilidad de vetar el ingreso del equipo a la Capital del Atlántico».(enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).