La première victoire des bhoutanais a lieu au stade Changlimithang de Thimphou le , jour de la finale de la Coupe du monde. Ils prennent part à une rencontre opposant les deux dernières équipes du classement mondial de la FIFA. Le Bhoutan, alors 202e, est opposé à Montserrat, classé 203e et dernier[5]. Les bhoutanais, entraînés par le néerlandais Arie Schans, s'imposent sur le score de quatre buts à zéro, grâce notamment à un hat-trick de leur capitaine Wangyel Dorji[3],[5]. Ce match a fait l'objet d'un documentaire de Johan Kramer, intitulé L'Autre Finale[6]. La 2e victoire de l'histoire de la sélection est obtenue à domicile le contre Guam, sur le score de 6 à 0, dans le cadre des qualifications pour la Coupe d'Asie 2004, en outre elle constitue à ce jour le plus large succès de l'histoire du pays. L'équipe du Bhoutan dispute la coupe d'Asie du Sud de football depuis 2003 et l'AFC Challenge Cup depuis la première édition, qui s'est tenue en 2006. Trois matchs amicaux contre l'équipe des Îles Marshall et du Tibet a vu le Bhoutan acquérir deux victoires et un match nul.
Cependant, les matchs ne comptent pas dans les statistiques internationales officielles, les Îles Marshall ne sont pas membre de la FIFA ni de l'OFC, le Tibet n'est pas membre de la FIFA ni de l'AFC et ainsi ces matchs ne comptent pas dans les classements officiels de la FIFA. Ils enregistrent la 3e victoire officielle de leur histoire durant la coupe d'Asie du Sud de football 2008, organisée par la SAFF, en s'imposant face à l'Afghanistan sur le score de trois buts à un[7].
Fin 2014, l'équipe entraînée par l'ancien international Chokey Nima est 209e et dernière du classement FIFA[4]. En 2015, la Fédération du Bhoutan de football décide de soutenir certains joueurs du « onze au dragon » en leur versant un salaire mensuel de 10 000 ngultrum (environ 150 euros)[8]. La plupart des joueurs de l'équipe nationale sont étudiants. Le capitaine, Karma Shedrup, exerce le métier de pilote de ligne[9]. Chencho Gyeltshen, le seul professionnel du groupe, évolue au Buriram United FC, un club disputant le championnat de Thaïlande[7],[9]. À partir de , l'équipe prend part aux éliminatoires de la zone Asie pour la Coupe du monde 2018. Le premier tour voit s'affronter les douze pays de la zone les moins bien placés. Avant de rencontrer l'équipe du Sri Lanka, 174e du classement mondial, en matchs aller-retour, les bhoutanais s'entraînent durant un mois en Thaïlande afin de s'acclimater à la chaleur[4]. Lors du match aller, qui a lieu à l'extérieur, le Bhoutan s'impose 1-0 grâce à un but de Tshering Dorji. L'équipe, qui disputait son premier match qualificatif pour une Coupe du monde, enregistre sa 4e victoire en 59 rencontres[2]. Le Bhoutan l'emporte 2-1 lors du match retour disputé à Thimphou grâce à un doublé de Chencho Gyeltshen. La sélection himalayenne se qualifie (3-1 sur l'ensemble des deux matches) pour le 2e tour des éliminatoires[10]. Lors de leur tout premier match de phase de groupes de leur histoire, le Bhoutan subit une énorme claque sur le terrain de Hong Kong (0-7). Il termine finalement dernier de son groupe, avec un bilan de 8 défaites en autant de rencontres disputées (dont certaines sur un score très lourd en déplacement contre le Qatar 0-15 et la Chine 0-12) et 5 buts inscrits (tous contre les Maldives) contre 52 encaissés. Malgré ce bilan largement négatif, le Bhoutan a fait preuve de combativité, offrant une belle résistance en manquant de peu de prendre les premiers points de son histoire à domicile contre Hong Kong lors du match retour (défaite 0-1 en toute fin de match) et face aux Maldives (3-4 à domicile à l'aller, 2-4 à l'extérieur au retour).
L'équipe du Bhoutan, grâce à sa victoire sur le Bangladesh lors du 2e tour de barrages(en) (0-0 à l'extérieur à l'aller, succès 3-1 à domicile lors du match retour), obtient le droit de disputer le 3e tour qualificatif pour la Coupe d'Asie des nations 2019(en). Il est reversé dans le groupe D(en) avec Oman, la Palestine et une nouvelle fois les Maldives. Le , au bout de quatre journées, le Bhoutan compte autant de défaites que de rencontres disputées et pointe à la dernière place de son groupe, avec aucun but inscrit contre 28 encaissés. Un bilan qui élimine mathématiquement la sélection himalayenne de la course à la qualification pour la prochaine Coupe d'Asie. Le , le Bhoutan achève ses matchs qualificatifs à domicile avec les honneurs, en inscrivant deux buts contre Oman et en ayant longtemps fait douter cette dernière tout au long de la rencontre (défaite 2-4).
Lors du 1er tour qualificatif pour la Coupe du monde 2022, le Bhoutan affronte Guam dans l'espoir de rééditer sa performance réalisée quatre ans plus tôt à ce même stade de la compétition contre le Sri Lanka qu'elle avait battu à deux reprises et éliminé. Au match aller le , le Bhoutan s'impose à domicile sur la plus petite des marges (1-0). La sélection himalayenne est cependant sèchement défaite 5 jours plus tard à l'extérieur lors du match retour (0-5) et ne parvient pas à se qualifier pour le tour suivant.
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