Elle fut fondée le par le secrétaire à la Marine des États-Unis, George Bancroft et le professeur de chaire de mathématiques William Chauvenet. L'école occupait alors un simple fort en bois, nommé Fort-Severn et s'appelait simplement « École navale » (Naval School). La première promotion comportait 50 marins. En 1850, l'école devint l'Académie navale, et son cursus passa à quatre ans. Son développement fut continu au fil des années. De nos jours, chaque promotion compte environ 4 000 élèves officiers.
L'école s'ouvrit aux femmes en 1976. À l'heure actuelle, celles-ci représentent environ 15 % de chaque promotion.
Le campus de l'académie se trouve dans la ville d'Annapolis, dans le Maryland, sur les rives de la Severn et de la baie de Chesapeake. Depuis le milieu du XIXe siècle, il s'est étendu pour atteindre une superficie de 1,37 km² aujourd'hui. Ses principaux bâtiments sont :
La bibliothèque Nimitz[1], qui abrite, en plus de la bibliothèque proprement dite, les départements de langue, économie et sciences politiques.
Le Rickover[2] Hall regroupe les départements d'ingénierie mécanique, navale, aéronautique et aérospatiale.