Apolo Nsibambi enseigne la science politique à l'université Makerere et est l'ancien directeur de l'institut de recherche sociale de l'université. Dans les années 1960, il y rencontre l'écrivain Paul Theroux. L'écrivain reprend un de leurs dialogues dans Dark Star Safari. Entre 2003 et , Apolo Nsibambi est recteur de l'université[3].
Peu après la restauration de la royauté au Buganda dont il est originaire[4], Apolo Nsibambi participe à l'assemblée constituante ougandaise de 1994. De 1996 à 1998, il est ministre des Services publics avant d'être de à avril 1999, ministre de l'Éducation[2]. Le , Apolo Nsibambi remplace Kintu Musoke au poste de Premier ministre. Le , il cède son fauteuil à Amama Mbabazi.
Il épouse Esther Nsibambi après le décès de sa première femme, Rhoda, en décembre 2001. Il est le père de quatre filles[5],[6].
